El 912, Garcia I de Lleó, fill d’Alfons III el Magne, va fer donació de diverses esglésies a aquest monestir en suport a la comunitat aquí establerta; li van seguir altres donacions efectuades els anys següents. Això indica que ja existia i hom considera que era molt antic. En aquell moment el rei devia reedificar o restaurar l'antic cenobi anterior, inicialment dedicat a Santa Eulalia i San Vicente.

L’any 918 Ordoño II li va fer donació de més béns, però el 988 fou destruït per una ràtzia d’Almansor. Entre aquesta darrera data i el 1099 va continuar la seva existència, però de manera molt precària.

El 1099 fou restaurat per l’infanta Urraca (filla de Ferran I de Lleó) que li va donar el monestir de San Juan de Lleó (intramurs de la ciutat), el de San Adriano de Baños i el de San Juan de Verbio, a Astúries. A més d’altres béns i diversos llibres. Seguidament es va beneficiar de més donacions i privilegis, pels quals gaudia de jurisdicció civil i criminal. A més dels monestirs esmentats li pertanyien Santa María de Algadefe (donat per Alfons VI), San Miguel de Bercedo (Astúries) y Santa María de Villafáfila (donat per Alfons VII).

El monestir va arribar al segle XVI en un estat de profunda decadència, les construccions es trobaven en perill de ruïna i fins i tot el règim intern de la comunitat s’havia relaxat. A causa d’això hom va optar per posar-lo sota l’autoritat de la Congregació de San Benito de Valladolid i en aquest sentit el papa Juli II va emetre una butlla (l’any 1512) que el monestir no va acceptar i no fou acatada fins que l’any següent el papa Lleó X va emetre una segona butlla.

A mitjan del segle XVI, l’estat de decadència era tan acusada que hom va optar pel seu trasllat al Colegio de San Vicente de Salamanca, el que va encendre una fervent oposició per part de la comunitat i dels habitants de les rodalies. El monarca Felipe II va protegir el monestir, el que va aturar el trasllat.

En aquesta època, sota l’abadiat de Diego de Lucio (1544-1553), van començar les obres d’una nova església i claustre. A finals de segle s’acabaren les obres d’aquest darrer. A partir del 1551 l’establiment monàstic va passar a ser un col·legi i casa d’estudis per a religiosos, el que va donar cert impuls a la seva precària situació.