Hom creu tradicionalment, que aquest establiment fou fundat pel mateix sant Francesc al seu pas per aquesta ciutat. Potser la primitiva església s’aixequés durant el segle XIII, però aquell edifici fou substituït al segle XVII per l’actual. La vida del monestir transcorregué sense entrebancs fins el segle XIX, quan els franciscans es van veure obligats a abandonar-lo a causa de la Guerra del Francès. Quan hi van retornar (1816) el van trobar molt malmès. Fou exclaustrat definitivament el 1836.

El lloc va passar a mans públiques i s’hi va instal·lar una caserna i més endavant la presó. El 1883 va passar a estar ocupat per una comunitat de redemptoristes.