L’any 946 es va celebrar el concili de Monte Irago en el que, entre altres hi va participar l’abat Pimolus de Sancti Martini, que hom considera que pot tractar-se d’aquest monestir. Es tractaria d’una fundació benedictina del segle X o, potser anterior. Inicialment era una possessió episcopal però més endavant va esdevenir de propietat reial.

Com a tal propietat, el 1165 el rei lleonès Ferran II el va donar a la canònica augustiniana de Santa María de Poibueno (Lleó). Curiosament el 1203 o 1204, el prior de Poibueno i al mateix temps abat de San Martín de Montes, Rodrigo, va passar a pertànyer a l’orde de l’Hospital, juntament amb el monestir de San Martín. Arran d’aquest canvi poc freqüent, es van establir uns pactes entre el propi monestir, el bisbat d’Astorga i el monestir de Carracedo, que tenia certs drets sobre aquest. El primer comanador de l’establiment hospitaler fou Don Gonzalo, i Rodrigo va mantenir encara el càrrec honorífic de prior.