Malgrat que hom li suposa una considerable antiguitat, el monestir de Poibueno no s’esmenta fins el 1154, en un privilegi atorgat per Alfons VII a la comunitat organitzada de canonges agustinians. La seva església estava dedicada a Santiago. En aquell moment el lloc era conegut com “Podio Malo”. El 1157 consta que aquesta canònica estava sotmesa en certa forma a la episcopal d’Astorga. Entre aquesta data i el 1162 es va canviar el nom pel de Poibueno.

El 1165 aquest establiment va rebre en propietat el monestir de San Martín de Montes, que més endavant (1203-1204) es separaria d’aquest i passaria a l’orde de l’Hospital. Torna a estar documentat el 1288 en una venda, i la darrera notícia coneguda és del 1339. Probablement desapareixeria com a canònica a mitjan del segle XIV. El 1613 s’esmenta ja com a parròquia dedicada a Nuestra Señora de Poibueno, sota la direcció d’un “prior”, que conservava encara aquest títol honorífic en record de la seva història.