Va patir els efectes de la Guerra del Francès i les monges foren expulsades del seu monestir, que va convertir-se en caserna. Quan van retornar al convent (1814) el trobaren incendiat i saquejat. La desamortització de 1835 les va afectar, encara que molt menys que altres establiments monàstics. Les monges van poder quedar-se al monestir però van patir l’expropiació dels seus béns, dels que treien els ingressos necessaris per la seva subsistència. Una altra mesura adoptada fou la de prohibir que ingressessin nous membres a la comunitat.

Una decisió política seguint la política desamortitzadora va clausurar temporalment el convent d’Aguilar, el 1870 les monges el van abandonar per traslladar-se al convent d’Astudillo i el lloc va quedar tancat. Van poder retornar al lloc d’origen poc després (1872).