Tot i que hom li ha atribuït un origen visigòtic, segons la Bíblia de Juan i Vimara (any 920) de la catedral de Lleó, on s’explica la vida de sant Froilà, bisbe d’aquella diòcesi entre el 900 i 904, el monestir fou fundat per ell amb el suport d’Alfons III d’Astúries (866-910), a finals del segle IX. També s’esmenta que es tractava d’un monestir doble, amb una comunitat masculina i una femenina i que tenia sis-cents monjos, xifra desproporcionada. Aquest monestir és reconegut arran del seu escriptori del que s’han conservat alguns còdex d’aquella època com el Beatus de Tábara (968-970) obra de Magius, Emeterius i Senior, elaborat al menys en part en aquest lloc i que ara es conserva al Archivo Histórico Nacional. El Beatus de Girona (final del segle X) obra de Senior, Ende i Emeterius, la coincidència d’alguns d’ells el relaciona amb el Beatus de Tábara i aquest monestir. També s’ha vinculat a Tábara el Beat Morgan (segle X), procedent de San Miguel de Escalada que va encarregar la seva elaboració, obra de Maius i que es conserva a la la Pierpont Morgan Library de Nova York.

L’any 988 aquest monestir degué patir els efectes d’una ràtzia d’Almansor i el 1099 figura com una de les propietats d’Elvira de Lleó, filla de Ferran I, el que mostra que fins aquell moment encara tenia activitat. L’església conserva dues inscripcions relatives a la seva construcció, una és del segle X, on s’esmenta l’abat Arandisclo, i la segona que pertany a una consagració del 1137. Durant la primera meitat del segle XII el territori de Tábara, incloent el monestir va passar a mans de l’orde del Temple el que va provocar enfrontaments entre el bisbat i aquell orde. Hi ha constància de l’existència d’una comanda templera de tipus rural en aquest lloc a començament del segle XIV, vinculada a la de Carbajales de Alba. Al lloc que ocupava l’antic monestir de San Salvador s’aixeca l’església de Santa María de Tábara.