Sant Martí de Tours, bisbe d’aquesta ciutat entre els anys 371 i 397, es retirava ocasionalment en una cel·la a la mateixa vila, prop de la seu episcopal, però importunat pels visitants va decidir desplaçar-se fora de la ciutat, a la riba dreta del Loira. Es tractava d’un lloc isolat que possiblement ja havia estat ocupat per a finalitats similars en una època anterior, en aquest sentit la tradició situa en aquest lloc una cel·la ocupada per sant Gacià, un dels set apòstols de la Gàl·lia (segle III) i primer bisbe de Tours. Amb el temps va esdevenir una colònia eremítica que es va envoltar d’un mur on possiblement s’ha van reunir uns 80 anacoretes que ocupaven unes balmes obertes a la roca i cabanes i disposaven d’espais comunitaris, amb una església dedicada als sants Pere i Pau. A finals del segle V, en època del bisbe sant Volusià, es va aixecar una nova església dedicada a sant Joan i es va renovar el conjunt monàstic, incrementant la seva popularitat i esdevenint un important lloc de veneració dels fidels.

Abadia de Marmoutier
Coves dels primers eremites i antic campanar

Abadia de Marmoutier
Dibuix de Louis Boudan (s. XVII)
Bibliothèque nationale de France

Tot plegat va quedar interromput a causa de les invasions dels víkings que van afectar el territori, el 853 Marmoutier fou saquejat i va resultar arruïnat en profunditat, la tradició esmenta la mort de 116 religiosos i la fuita dels pocs que quedaren vius. Degué passar una llarga època de penúries i abandonaments, en els períodes de certa calma els canonges de Saint-Martin van tenir cura de Marmoutier esdevenint una dependència d’aquella col·legiata on hi van enviar una petita comunitat que mantindria mínimament el lloc. Ja ben entrat el segle X Marmoutier va començar a recuperar les seves possessions i privilegis que havien rebut en època carolíngia, abans de les invasions normandes. Però no fou fins el 982 que es va recuperar la regularitat monàstica gràcies a la intervenció del comte Eudes I de Blois (c950-c995) que també tenia el càrrec d’abat laic de Marmoutier. El comte va demanar la intervenció de l’abat Maiol de Cluny (910-994) que el 982 va proveir el monestir d’una nova comunitat cluniacenca transformant-la en una casa regular, el mateix Maiol en fou el seu primer abat.

Abadia de Marmoutier
Gravat núm. 162 del Monasticon Gallicanum
Bibliothèque nationale de France

Va seguir una llarga època de prosperitat gràcies als seus orígens relacionats amb la figura de sant Martí que facilitaven l’arribada de donacions, la seva influència era molt important i va intervenir en nombroses fundacions o reconstruccions d’abadies que es duien a terme per tot el territori, a més de la possessió d’un elevat nombre de priorats propis. Molts monjos formats a Marmoutier van ocupar càrrecs importants en altres abadies. El 1096 el papa Urbà II consagrava l’església monàstica. Al segle XII ja s’havia desenvolupat un gran monestir. El 1255 Lluís IX de França va posar l’abadia sota la seva protecció i la dels seus successors a la corona.

Abadia de Marmoutier
Actual capella, de construcció moderna