En este lugar los caballeros de la orden militar de Cristo tenían una ermita y casa dedicada a Nossa Senhora dos Reis donde asistían a los navegantes. En 1496, a raíz de una bula del papa Alejandro VI aquel establecimiento se transformó en un monasterio de la orden de los jerónimos. El rey Manuel I hizo donación del lugar a los nuevos ocupantes dos años después y en 1499 ya llegaron los primeros monjes. En 1502 comenzaron las obras de un monasterio de grandes dimensiones cuya financiación fue aportada en su mayor parte por la monarquía. Los arquitectos Diogo Boitaca, João de Castilho (Juan del Castilllo) y Diego de Torralva se encargaron de levantar un edificio grandioso, pensado para acoger un centenar de monjes. El lugar quedó sin actividad monástica en 1834 a causa de la extinción de las órdenes religiosas y quedó abandonado durante algunos años, tras los cuales comenzó su restauración.