Probablement el lloc i castell de Pedrís es va conquerir a l’islam a finals del segle XI. Consta documentalment la seva existència el 1090 quan és esmentat en una definició de límits territorials. El 1143 el trobem documentat altre cop. La meitat del castell amb el seu terme fou donat al Temple, la donació la va atorgar Dolça de Foix i el seu fill Ermengol VIII d’Urgell i la reberen Ramon de Canet, mestre de l’orde, Ramon de Cubells, preceptor de Montsó i B. d’Albespi, preceptor de Gardeny. L’altra meitat fou adquirida posteriorment.

Tot i la donació anterior als templers i que aquests hi fundaren un priorat depenent de Gardeny, el 1194 hom troba una nova donació del castell i església a la comanda d'Alguaire de l’orde de l’Hospital de Sant Joan de Jerusalem. Sigui com sigui, amb la dissolució del l’orde del Temple, la casa de Pedrís va passar als hospitalers de Casa Antiga, de Lleida.

Trobem notícies posteriors, el 1391, relacionades amb un delme. En aquesta època es feren obres de restauració tant a la mateixa església com a la casa prioral. En una visita del 1659 s’explica que hi havia una església dedicada a Sant Pere, amb funcions parroquials; també s’esmenta que no es trobava en bon estat de conservació. El 1718 es va portar a terme una profunda remodelació, canviant fins i tot l’orientació de l’església. L’orde de l’Hospital va mantenir la propietat del lloc fins el 1831.

L’edifici es va malmetre durant la guerra del 1936-39. Més endavant es va bastir una nova església, al costat. Fins l’any 1974 encara es conservava un gruixut mur lateral d’aquell temple, amb una finestra de mig punt, però va desaparèixer en aprofitar la pedra en una obra. Ara només en resta la base d’aquell mur.