Il s'agit d'un modeste prieuré dépendant de l'abbaye de Saint-Victor de Marseille. Ses origines sont peu connues ; on considère qu'il aurait pu être fondé entre les VIe et VIIe siècles, bien que l’Histoire générale de Languedoc le situe au IXe siècle. Au XIe siècle, il fonctionnait déjà comme un chapitre régulier, ce qui donna naissance au nom de Canorga ou Canonica, qui s'étendit aussi bien au site qu’au village qui se développa autour.
Selon la tradition, en 826, cet endroit fut le théâtre de l'assassinat de l'évêque de Mende, Fredaldus (Frézal), dont on ne possède aucune autre information. Il fut enterré à proximité et est vénéré comme saint. Ce qui est certain, c'est qu'en 1060, le chapitre fut cédé à Saint-Victor de Marseille, devenant ainsi un prieuré bénédictin soumis à cette abbaye. L'actuelle église romane fut construite à cette époque, au XIIe siècle, et fit ensuite l’objet de diverses modifications et restaurations. À la fin du XVIe siècle, aussi bien le village que la maison monastique furent gravement affectés par les guerres. Au milieu du XVIIe siècle, le prieuré fut supprimé et l'église devint paroissiale.
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Le site de La Canourgue se trouve à l'ouest de Mende