El monasterio de monjas dominicas de Quejana fue fundado por Fernán Pérez de Ayala, alto funcionario de la corte real, entre los diversos títulos nobiliarios que ostentaba, cabe mencionar el de señor de Ayala, lugar donde levantó un palacio y residencia, y este monasterio, donde fue enterrado a su muerte, en 1385.
En la iniciativa fundacional participó su esposa, Elvira Álvarez, a la muerte de ésta (1372) inició el proceso fundacional otorgando testamento a favor de la futura casa monástica e ingresando a sí mismo en la orden de los predicadores. En 1378 obtenía la oportuna licencia y dotó económicamente a la casa, además aportó el relicario de la Virgen del Cabello, conservado en el monasterio y ahora depositado en el Museo Diocesano de Vitoria. Los sucesores de los fundadores, hijo y nieto, continuaron con la labor de protección de San Juan, después continuaría con otros familiares hasta que a mediados del siglo XV el monasterio se vio afectado por un descenso del apoyo externo. La casa monástica se mantuvo hasta el 2008.
- LAHOZ, Mª Lucía (1993). Reflexiones acerca del proyecto funerario de Don Fernán Pérez de Ayala en Quejana. Boletín de la Real Sociedad Bascongada de Amigos del País, núm. 49.2
- LANDÁZURI, Joaquín José de (1797). Historia eclesiástica de la M.N. y M.L. provincia de Alava. Pamplona: Cosculluela
- MELERO-MONEO, Marisa (2000). Retablo y frontal del convento de San Juan de Quejana en Álava (1396). Locus Amoenus, núm. 5
- PAZ MORO, Agurtzane (2017). Configuración patrimonial del monasterio de monjas dominicas de San Juan de Quejana, patronazgo del linaje de Ayala (1378-1524). Hispania Sacra, núm. 69
- PAZ MORO, Agurtzane (2017). San Juan de Quejana, un monasterio familiar de dominicas en el valle alavés de Ayala. Bilbao: Universidad del País Vasco
- VELASCO, Albert (2021). Un tríptico flamenco de hacia 1400 procedente del monasterio de San Juan Bautista de Quejana (Álava, España). Temas Medievales, núm. 29.1