El monestir de monges dominiques de Quejana fou fundat per Fernán Pérez de Ayala, alt funcionari de la cort reial, entre els diversos títols nobiliaris que ostentava, cal esmentar el de senyor d’Ayala, lloc on va aixecar un palau i residència, i aquest monestir, on va ser enterrat a la seva mort, el 1385.
En la iniciativa fundacional hi va participar la seva esposa, Elvira Álvarez, a la mort d'aquesta (1372) va iniciar el procés fundacional atorgant testament a favor de la futura casa monàstica i ingressant ell mateix a l'orde dels predicadors. El 1378 obtenia l'oportuna llicència i va dotar econòmicament la casa, a més va aportar el reliquiari de la Virgen del Cabello, conservat al monestir i ara dipositat al Museo Diocesano de Vitòria. Els successors dels fundadors, fill i net, van continuar amb la tasca de protecció de San Juan, després continuaria amb altres familiars fins que a mitjan segle XV el monestir es va veure afectat per una davallada en el suport extern. La casa monàstica es va mantenir fins a l'any 2008.
- LAHOZ, Mª Lucía (1993). Reflexiones acerca del proyecto funerario de Don Fernán Pérez de Ayala en Quejana. Boletín de la Real Sociedad Bascongada de Amigos del País, núm. 49.2
- LANDÁZURI, Joaquín José de (1797). Historia eclesiástica de la M.N. y M.L. provincia de Alava. Pamplona: Cosculluela
- MELERO-MONEO, Marisa (2000). Retablo y frontal del convento de San Juan de Quejana en Álava (1396). Locus Amoenus, núm. 5
- PAZ MORO, Agurtzane (2017). Configuración patrimonial del monasterio de monjas dominicas de San Juan de Quejana, patronazgo del linaje de Ayala (1378-1524). Hispania Sacra, núm. 69
- PAZ MORO, Agurtzane (2017). San Juan de Quejana, un monasterio familiar de dominicas en el valle alavés de Ayala. Bilbao: Universidad del País Vasco
- VELASCO, Albert (2021). Un tríptico flamenco de hacia 1400 procedente del monasterio de San Juan Bautista de Quejana (Álava, España). Temas Medievales, núm. 29.1