Los hospitalarios eran poseedores del ligar conocido como Hospital de Berga desde comienzos del siglo XIII gracias a una donación. En 1220, el caballero Bernat de Saga otorgó al comendador de Costoja, la casa que la misma orden que tenía en el Alt Urgell, la facultad de erigir una iglesia en aquel lugar.
Entonces la casa que hasta ese momento era una posesión vinculada a Costoja, se organizó como encomienda, una institución modesta que al poco tiempo se vio obligada a asociarse para garantizar su supervivencia. En 1236 se menciona a fray Ramon de Liri, comendador de Berga, Costoja e Isot. Cuando la encomienda templaria de Puig-reig pasó a los hospitalarios, se reorganizó todo el territorio, dejando la casa de Berga con carácter de priorato dependiente de Puig-reig. En 1377 la casa e iglesia de San Juan, en plena crisis, fueron vendidas a las monjas cistercienses de Santa María de Montbenet, que trasladaron aquí su monasterio. Los hospitalarios mantuvieron las demás propiedades en Berga.
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