El monestir de Sant Feliu està dedicat al màrtir d'origen africà (Fèlix o Feliu l’Africà, o Feliu de Girona) que va predicar en aquestes terres i que va morir arran de les persecucions de Dioclecià, a començament del segle IV. Habitualment, hom situa el seu martiri a Girona, però també es considera que aquest episodi va tenir lloc a la mateixa ciutat de Sant Feliu de Guíxols. Hom desconeix la data concreta de la fundació del monestir, s'ha dit que podria tractar-se d'una iniciativa de Carlemany, a finals del segle VIII, però el més possible és que això s'hagués produït a començament del segle X, quan es repoblava el territori.
El primer document que esmenta directament aquest establiment és una donació a favor seu atorgada pels comtes Sunyer i Riquilda de Barcelona. No es conserva, només es té constància de la seva existència, però ajuda a situar la fundació abans del 947, data en què Miró va succeir el seu pare, Sunyer. L'any 968, un diploma del rei carolingi Lotari autoritzava l'abat Sunyer dirigir alhora els monestirs de Sant Feliu i Sant Pol del Maresme, la primera confirmació plena de la seva existència. La primera església monàstica, que possiblement s'hauria aixecat en el lloc d'un antic edifici anterior, va quedar destruïda per una invasió sarraïna, el 965.
L'abat Sunyer, el primer conegut, es va encarregar de reconstruir el monestir, un edifici romànic entre torres de defensa, que possiblement ja existien anteriorment. En aquesta construcció hi van participar importants personalitats de l'època, com l'abat Oliba i la comtessa Ermessenda de Carcassona. El 1117 hi hagué un intent, fins i tot emprant la força, d'unir-lo al monestir llenguadocià de La Grassa, que no va tenir èxit. Arran de la intervenció del monestir en la conquesta de Mallorca, aquest va rebre algunes possessions a l'illa. El 1285 un episodi bèl·lic protagonitzat per l'exèrcit francès va malmetre un altre cop el monestir, que es va haver de restaurar.
Poc després, i a conseqüència del gran desenvolupament que tenia la vila, el monestir va emprendre la tasca de renovar i ampliar l'església. El 1317 van començar aquelles obres i a mitjans del mateix segle l'antiga capçalera romànica havia quedat substituïda pels nous absis gòtics. A finals de segle, la nau va resultar també modificada, refent una part de la mateixa amb una construcció gòtica i restant encara els peus de la nau antiga, més baixa i ocupada pel cor monàstic. Una butlla del papa Adrià VI va unir aquest monestir a la Congregació de San Benito de Valladolid (1515).
Al segle XVIII es van portar a terme obres importants al conjunt monàstic, que van renovar totalment les seves dependències auxiliars. També hi havia el projecte de refer l'església, però no es va portar endavant i només es van fer petites reformes que no la van afectar en profunditat. En el segle XIX es va produir una exclaustració temporal de la comunitat (1820-1823) i la definitiva el 1835. L'església va continuar amb les seves funcions parroquials, però va patir destruccions en diverses ocasions, sobretot en el seu mobiliari. El 1931 es van portar a terme obres de restauració i consolidació de l'església, particularment la Porta Ferrada. El 1936 va significar un nou episodi de pèrdua de patrimoni mobiliari i després de la guerra Civil es va tornar a restaurar l'edifici.
La part visible més antiga del monestir de Sant Feliu de Guíxols és el sector de ponent de l’església on se situa la Porta Ferrada i les torres de defensa (la del Corn, amb una base romana, i la del Fum). La capçalera, a llevant, és gòtica del segle XIV.
El martiri del sant, il·lustració de La llegenda àuria
Bibliothèque nationale de France
Feliu de Girona, Fèlix, o Feliu l'Africà
Sant Feliu és un màrtir gironí d'origen nord-africà que va morir, segurament a l'actual barri del Mercadal de Girona, durant les persecucions de Dioclecià, a començament del segle IV. També es considera que fou martiritzat a Sant Feliu de Guíxols. Fou enterrat extramurs de Girona, lloc on es va alçar una primitiva construcció, o martyrium, en memòria seva. Aquell temple funerari s'aniria ampliant amb el pas del temps fins a l'actual basílica de Sant Feliu, propera al portal de Sobreportes.
- ALENY, Joseph de (1680). Antiguedad ilustrada, y verdad manifestada; a cerca la pretensión, si el convento de San Felix de Guixols... Barcelona: Andreu
- BADIA I HOMS, Joan (1977). L’arquitectura medieval de l’Empordà. Vol. I. Girona: Diputació de Girona
- BADIA I HOMS, Joan; CASES I LOSCOS, M Luïsa (1989). Sant Feliu de Guíxols. Catalunya romànica. Vol. VIII. L’Empordà I. Barcelona. Enciclopèdia Catalana
- BATLLE Y PRATS, Luis (1971). La biblioteca del monasterio de San Feliu de Guíxols. A. del Instituto de Estudios Gerundenses
- BLANCO, Joan (1991). El monestir de Sant Feliu de Guíxols (segles X-XI). La formació del domini. Ajuntament de Sant Feliu de Guíxols
- CALZADA, Josep; ESTEVA, Lluís (1984). Sant Feliu l’Africà i Sant Feliu de Guixols. Estudis del Baix Empordà, núm. 3
- CANO, Alonso (1606). Discurso general de este antiquísimo Castillo y Monasterio de Sanct Feliu de Guíxols. Manuscrit. B. Nacional de España
- CERVERA, Josep Mª. (1984). Història del Monestir de Sant Feliu de Guíxols. Olot: Alzamora
- COSTA, Xavier (2019). Paisatges monàstics. El monacat alt-medieval als comtats catalans (segles IX-X). Tesi doctoral. Universitat de Barcelona
- ESTEVA, Lluís; PALLÍ; Lluís (1995). Els llocs de la Vall d’Aro, Gissalis i el monestir guixolenc (881-1199). Sant Feliu de Guíxols: Amics del Museu Municipal
- GAVÍN, Josep M. (1983). Inventari d'esglésies. Vol. 14. Baix Empordà. Barcelona: Arxiu Gavín
- GIMÉNEZ, Àngel (2014). Quatre moments de canvi en la història del monestir guixolenc. Revista del Baix Empordà. Núm. 47
- JIMÉNEZ, Àngel (2001). L'església parroquial del monestir de Sant Feliu de Guíxols. Sant Feliu de Guíxols: Parròquia de la Mare de Déu dels Àngels
- MARCÓ, Xavier (2011). La senyoria feudal en un vessant de les Gavarres. Els dominis territorials de la vall d'Aro al segle XV
- MARCÓ, Xavier (2009). El monestir de Sant Feliu de Guíxols. Els monestirs benedictins de l'antic comtat de Besalú. Besalú: Amics de Besalú i el seu Comtat
- PÉREZ PASTOR, Plàcid (2019). El servei armat de l'abat i convent de Sant Feliu de Guíxols a Mallorca: la cavalleria Na Burgueta (s. XIII-XIX). II Jornades d'Estudis Locals de Llubí
- VIVO, Jordi; i altres (2012). Del dominus a l’abat. La història de l’entorn del monestir de Sant Feliu de Guíxols. Ajuntament de Sant Feliu de Guíxols
- VIVO LLORCA, Jordi (2023). El monestir de Sant Feliu de Guíxols des de la perspectiva arqueològica. Els monestirs en època medieval i moderna. Novetats des de l’arqueologia. Universitat de Girona
- ZARAGOZA, Ernest (1998). Abaciologi del monestir de Sant Feliu de Guíxols (segles X-XIX). Barcelona: P. Abadia de Montserrat