L’any 833 es va consagrar l’església del castell de Lillet, dedicada a Santa Maria, Sant Pere i Sant Joan, en aquest acte hi intervingué l’abat Calort de Sant Serni de Tavèrnoles. Aviat degué tenir també funcions parroquials, depenent del bisbat d’Urgell.
Al segle XI es va reunir una comunitat de clergues al voltant d’aquella parròquia donant pas a l’existència d’una canònica. Aquesta comunitat va anar rebent proteccions, béns i rendes de les autoritats, tant de la part civil (el comte de Guillem Ramon de Cerdanya, el 1086) com eclesiàstica (el bisbe Ot d’Urgell). Els protectors més destacats foren els mateixos senyors del castell de Lillet. Ot d’Urgell va impulsar aquesta canònica amb la fundació el 1100 d’una confraria, el que va donar nova vitalitat a la comunitat que s’hi aplegava. Va posar-se sota la regla de sant Agustí i va incrementar les seves possessions amb importants donacions de béns, aconseguint una època de prosperitat i estabilitat.
L'època de bonança es va posar de manifest quan el 1220 el papa Honori III va atorgar la seva protecció a la canònica. En aquesta època la casa estava dirigida per un paborde. El 1297 es va començar a poblar el lloc conegut com el Pujol, on es va començar a aixecar un nou castell al voltant del qual s'hi va establir la població. Això va significar el trasllat de les funcions civils i religioses. A mitjans del segle XIV la nova església establerta a la Pobla va prendre també les funcions parroquials, en detriment de la influència que fins aquell moment havia tingut la de Santa Maria de Lillet.
El mateix va passar amb el castell "vell", proper a la canònica, que al segle XV va quedar deshabitat definitivament. Malgrat això, la vida comunitària a Santa Maria de Lillet va continuar i el 1397 va consagrar-se novament l'església, que s'havia reformat. En aquell moment la seva decadència era important, amb una acusada disminució dels membres de la comunitat. El 1592 la canònica fou secularitzada, tot i mantenir-se la dignitat de paborde fins al 1822. Tot i que a començament del segle XX es mantenia encara en ús, finalment el lloc fou abandonat i la Majestat romànica que encara conservava fou traslladada a l'església de Santa Maria de la Pobla. Durant la guerra Civil l'església fou incendiada.
- GAVÍN, Josep M. (1985). Inventari d'esglésies. Vol. 17. Berguedà. Barcelona: Arxiu Gavín
- SERRA i ROTÉS, Rosa (1985). Santa Maria de Valldaura. Catalunya Romànica. Vol. XII. El Berguedà. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- VIDAL I ARDERIU, Lluís M. (1997). Monestir de Santa Maria de Lillet. Quaderns d'arquitectura i urbanisme, núm. 215