Los frailes mercedarios se establecieron en Girona en 1222, poco después de la fundación de la orden, gracias al apoyo de Ferrer Portell y su esposa, además de otras donaciones. Su ubicación inicial fue en el Mercadal, cerca del convento de Sant Francesc, pero posteriormente se trasladó a la actual plaza de la Mercè al otro lado del Onyar, en un nuevo edificio iniciado en 1326.
Durante el asedio de 1653 el convento fue desalojado de religiosos y se convirtió en hospital, situación que se volvió a vivir en 1678 cuando un temporal inundó algunas viviendas y mucha gente quedó afectada. Entre 1731 y 1743 se levantó la iglesia de la Mare de Déu dels Dolors, de la congregación del mismo nombre, junto a la iglesia conventual mercedaria. Ya en el siglo XIX, la casa resultó afectada, como el resto de la ciudad, por la guerra de la Independencia y quedó en ruinas. Llegó la exclaustración en 1835, cuando el convento todavía no se había recuperado, el lugar fue destinado durante muchos años a cuartel y hospital militar, función que mantuvo hasta 1968. Desde 1980 ha sido restaurado y desde 1985 se ha convertido en el Centre Cultural de la Mercè.
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