El convento de San Francisco de Guadalajara ocuparía el lugar donde la tradición sitúa la sede de una casa de la orden del Temple, después que ésta fuese suprimida, en 1330, las infantas Isabel y Beatriz de Castilla, hijas de Sancho IV y señoras de Guadalajara, habrían cedido el lugar a los franciscanos y éstos se establecieron en el antiguo edificio, situado en una colina, que se alzaba sobre la ciudad.
En 1395 el primer convento fue víctima de un incendio que lo afectó completamente, fue reconstruido gracias al apoyo de la casa señorial de los Mendoza, duques del Infantado. A mediados del siglo XV, el convento pasó a los observantes. En adelante, y gracias a la ayuda económica de los duques, el convento se fue enriqueciendo y, a finales del siglo XVII empezaron las obras para la construcción de una cripta con el panteón familiar, terminado en 1728. Durante la guerra de la Independencia, ya en el siglo XIX, la casa fue ocupada por el ejército invasor que la destrozó, perdiéndose buena parte de su mobiliario. En 1835 la casa conventual fue suprimida y pasó a manos públicas, en 1841 fue ocupado por el ejército y se fortificó, se han realizado trabajos de restauración.
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