El convent de San Francisco de Guadalajara ocuparia el lloc on la tradició situa la seu d’una casa de l’orde del Temple, després que aquesta fou suprimida, el 1330, les infantes Isabel i Beatriu de Castella, filles de Sanç IV i senyores de Guadalajara, haurien cedit el lloc als franciscans i aquests van establir-se en l’antic edifici, situat en un turó, que s’alçava sobre la ciutat.
El 1395 el primer convent fou víctima d'un incendi que el va afectar completament, fou reconstruït gràcies al suport de la casa senyorial dels Mendoza, ducs d'El Infantado. A mitjan segle XV, el convent va passar als observants. En endavant, i gràcies a l'ajut econòmic dels ducs, el convent es va anar enriquint i, a finals el segle XVII van començar les obres per la construcció d'una cripta amb el panteó familiar, acabat el 1728. Durant la guerra del Francès, ja al segle XIX, la casa fou ocupada per l'exèrcit invasor que la va malmetre, perdent-se bona part del seu mobiliari. El 1835 la casa conventual fou suprimida i va passar a mans públiques, el 1841 fou ocupat per l'exèrcit i es va fortificar, s'hi ha fet treballs de restauració.
- HERRERA, Antonio (1974). Monasterios y conventos en la provincia de Guadalajara. Guadalajara: I.C. Marqués de Santillana
- HERRERA, Antonio (1997). Monasterios medievales de Guadalajara. Guadalajara: Aache
- NAZ GÓMEZ, Claudia (2020). Iglesia San Francisco de Guadalajara: análisis histórico y geométrico. Escuela de Arquitectura UAH
- QUADRADO, Jose Maria; i altres (1886). España, sus monumentos y artes, su naturaleza e historia. Castilla La Nueva. Vol. II. Barcelona: Cortezo
- SALAZAR, Pedro de (1612). Crónica y historia de la fundación y progresso de la Província de Castilla. Madrid: Imprenta Real
- SANZ ARAUZ, David; i altres (2007). Mármoles históricos del Sepulcro de los Mendoza en el Convento de San Francisco de Guadalajara: Marquetería lapidaria española del siglo XVIII. Quinto Congreso Nacional de Historia de la Construcción