La referencia más antigua conocida de esta casa franciscana es de 1289, cuando se adquirieron los terrenos para su construcción. Probablemente, la fundación se realizó poco después. El convento se levantó fuera del casco urbano de la época, en el norte de éste. Se menciona que ese lugar había sido ocupado anteriormente por los templarios.
Esta fundación está relacionada con la casa de Andrade, que fue su protectora, y, concretamente, con Fernán Pérez de Andrade O Boo († 1397), quien fue enterrado en un lugar preeminente de la iglesia. Posteriormente, su tumba se trasladó a la nave. En su sepulcro figura la fecha de 1387, que podría corresponder con la finalización de las obras de la iglesia. El convento aparece por primera vez documentado como tal en 1323, cuando Mayor Rodríguez le hizo una donación. Durante los siglos XIV al XVI vivió una época de prosperidad, período durante el cual se construyeron varias capillas donde miembros de la nobleza local erigieron sus monumentos funerarios.
En 1524 se celebró en el convento un Capítulo Provincial de la orden franciscana. El lugar sufrió los efectos de los incendios que afectaron a Betanzos en los años 1565 y 1569. En 1567, la casa fue reformada, adoptando el régimen observante, tal y como se iba haciendo en otros conventos de la orden. En el siglo XVIII se reconstruyó buena parte del convento, que había quedado dañado a causa de los incendios. Los infortunios del siglo XIX empezaron con la guerra de la Independencia, durante la cual se perdieron la biblioteca y el archivo, además de otros bienes muebles. A pesar de una recuperación posterior, el convento fue suprimido definitivamente en 1835.
Con el tiempo, el lugar se fue deteriorando, aunque se estableció una escuela. En el último cuarto del siglo XIX se derribó el claustro gótico y buena parte de las dependencias del convento por motivos urbanísticos. Los sillares obtenidos de la demolición se utilizaron como material de construcción. Paralelamente, en 1914 llegó una nueva comunidad franciscana, y en 1919, lo que aún quedaba del convento se protegió como monumento histórico. En 1936, después de la fuga de la comunidad, la iglesia fue incendiada, perdiéndose el mobiliario litúrgico y quedando en ruinas, hecho que también afectó al convento. Posteriormente, se restauró y construyó un nuevo edificio conventual, que fue ocupado hasta 1992.
La iglesia que se conserva podría ser la segunda que se levantó, entre mediados del siglo XIV y 1387, como sucesora de la iglesia fundacional de finales del siglo XIII. Esta segunda iglesia era de nave única con ábside poligonal y crucero. Posteriormente, se añadieron seis capillas funerarias: dos junto a la capilla mayor, abiertas en el crucero (siglo XIV); otras dos en los extremos del transepto (siglo XV); y las dos últimas a los lados del primer tramo de la nave (siglo XVI). Del claustro desaparecido se conservan algunos elementos escultóricos.
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