La referència més antiga coneguda d’aquesta casa franciscana és de l’any 1289, quan es van adquirir els terrenys per a la seva construcció. Probablement, la fundació es va realitzar poc després. El convent es va aixecar fora del nucli urbà de l’època, al nord d’aquest. S’esmenta que aquell lloc havia estat ocupat anteriorment pels templers.
Aquesta fundació està relacionada amb la casa d’Andrade, que en fou la seva protectora, i, concretament, amb Fernán Pérez de Andrade O Boo († 1397), qui va ser enterrat en un lloc preeminent de l’església. Posteriorment, però, la seva tomba es va traslladar a la nau. Al seu sepulcre figura la data de 1387, que podria correspondre a la finalització de les obres de l’església. El convent apareix per primera vegada documentat com a tal l’any 1323, quan Mayor Rodríguez li va fer una donació. Durant els segles XIV al XVI va viure una època de prosperitat, període durant el qual es van construir diverses capelles on membres de la noblesa local van erigir els seus monuments funeraris.
L’any 1524 s’hi va celebrar un Capítol Provincial de l’orde franciscà. El lloc va patir els efectes dels incendis que van afectar Betanzos els anys 1565 i 1569. El 1567, la casa fou reformada, adoptant el règim observant, tal com s’anava fent en altres convents de l’orde. Al segle XVIII es va refer bona part del convent, que havia quedat malmès a causa dels incendis. Els infortunis del segle XIX van començar amb la Guerra del Francès, durant la qual es van perdre la biblioteca i l’arxiu, a més d’altres béns mobles. Tot i una recuperació posterior, el convent fou definitivament suprimit el 1835.
Amb el pas del temps, el lloc es va anar deteriorant, malgrat que s’hi va establir una escola. En el darrer quart del segle XIX es va enderrocar el claustre gòtic i bona part de les dependències del convent per motius urbanístics. Els carreus obtinguts de la demolició es van utilitzar com a material de construcció. Paral·lelament, el 1914 hi va arribar una nova comunitat franciscana, i el 1919, el que encara quedava del convent es va protegir com a monument històric. El 1936, després de la fugida de la comunitat, l’església fou incendiada, perdent-se el mobiliari litúrgic i quedant en ruïnes, fet que també va afectar el convent. Posteriorment, es va restaurar i es va construir un nou edifici conventual, que fou ocupat fins al 1992.
L’església que es conserva podria ser la segona que s’hi va aixecar, entre mitjan segle XIV i 1387, com a successora de l’església fundacional de finals del segle XIII. Aquesta segona església era de nau única amb absis poligonal i creuer. Posteriorment, s’hi van afegir sis capelles funeràries: dues al costat de la capella major, obertes al creuer (segle XIV); dues més als extrems del transsepte (segle XV); i les dues darreres als costats del primer tram de la nau (segle XVI). Del claustre desaparegut es conserven alguns testimonis escultòrics.
- COLÓN ALONSO, Marta (2012). Transformaciones históricas en el convento de San Francisco de Betanzos, siglos XIV al XX. Tesi doctoral. Universidade da Coruña
- FRAGA SAMPEDRO, María Dolores (1995). San Francisco de Betanzos: nuevas aportaciones a su programa iconográfico. Anuario Brigantino, núm. 18
- GARCÍA ORO, José; i altres (1994). San Francisco de Betanzos ante la Reforma (1567). Anuario Brigantino, núm. 17
- LEZA TELLO, Prudencio (2010). Apuntes para la Historia del convento y comunidad de San Francisco de Betanzos. Anuario Brigantino, núm. 33
- PÉREZ VILLAAMIL, Genaro (1850). España artística y monumental. Vistas y monumentos de España. Vol. 3. París: A. Hauser
- TARRÍO, Santiago B. (2012). La arquitectura de las órdenes mendicantes en Galicia, análisis gráfico de los templos franciscanos. Tesi. Universidade da Coruña