La fundación del convento de Santo Domingo de Estella se realizó a instancias del rey navarro Teobaldo II, que gobernó el país entre 1253 y 1270. Con ese objetivo, logró las correspondientes autorizaciones, tanto de los dominicos (en Toulouse, 1258) que deberían ocuparlo, como del papa Alejandro IV. El propio monarca aportó los medios económicos necesarios para la construcción de los edificios que formarían el convento, mientras que las autoridades religiosas otorgaban todo tipo de beneficios en forma de indulgencias a los fieles.
La construcción del monasterio comenzó en 1260 y ya estaba prácticamente terminado y ocupado en 1264. Además del monarca, y ya con posterioridad a su muerte, otros personajes importantes colaboraron en el enriquecimiento del convento, promoviendo o participando en diversas obras y construcciones que se fueron añadiendo. Carlos III el Noble (rey de Navarra entre 1387 y 1425) hizo obras relevantes con el fin de adaptar una residencia real dentro del convento, obra que se terminó en 1422. Gracias al impulso dado por la monarquía, esta casa gozó de una gran importancia, dentro de sus muros se desarrollaron un total de doce capítulos generales de la orden. En este sentido, también se celebraron reuniones de las Cortes Generales de Navarra en varias ocasiones. Globalmente fue uno de los conventos más ricos de la orden en España, aunque tuvo épocas con dificultades económicas.
Con el siglo XIX llegó el fin del convento. En 1809 la comunidad tuvo que dejar el monasterio a causa de la guerra de la Independencia y no pudo regresar hasta 1814. Poco después (entre 1821 y 1823) se repitió la situación. El golpe final llegó con la desamortización (1839), el lugar quedó sin uso y abandonado. Años después del edificio sólo quedaban los muros. A principios del siglo XX se pensó en derribarlo totalmente para obtener material de construcción para un cuartel, pero el proyecto no prosperó. En 1962 se realizaron obras de conservación de los edificios. Entre 1965 y 1970 regresó transitoriamente una comunidad dominica. Luego, el edificio que habían levantado se utilizó como residencia de ancianos.
- GOÑI GAZTAMBIDE, José (1961). Historia del convento de Santo Domingo de Estella. Príncipe de Viana, núm. 82-83
- GOÑI GAZTAMBIDE, José (1990). Historia eclesiástica de Estella. Tomo II. Las órdenes religiosas (1131-1990). Pamplona: Gobierno de Navarra