La fundació del convent de Santo Domingo d'Estella es va fer a instàncies del rei navarrès Teobald II, que va governar el país entre el 1253 i 1270. Amb aquell objectiu, va aconseguir les corresponents autoritzacions, tant dels dominics (a Tolosa de Llenguadoc, el 1258) que l'haurien d'ocupar, com del papa Alexandre IV. El mateix monarca va aportar els medis econòmics necessaris per a la construcció dels edificis que formarien el convent, mentre que les autoritats religioses atorgaven tota mena de beneficis en forma d'indulgències als fidels.
La construcció del monestir va començar el 1260 i ja era pràcticament acabat i ocupat el 1264. A més del monarca, i ja amb posterioritat a la seva mort, altres personatges importants van col·laborar en l'enriquiment del convent, promovent o participant en diverses obres i construccions que s'hi van anar afegint. Carles III el Noble (rei de Navarra entre 1387 i 1425) va fer obres rellevants amb la finalitat d'adaptar una residència reial dins el convent, obra que va enllestir-se el 1422. Gràcies a l'impuls donat per la monarquia, aquesta casa va gaudir d'una gran importància, dintre dels seus murs es van desenvolupar un total de dotze capítols generals de l'orde. En aquest sentit, també s'hi van celebrar reunions de les Corts Generals de Navarra en diverses ocasions. Globalment, va ser un dels convents més rics de l'orde a Espanya, tot i que va tenir èpoques amb dificultats econòmiques.
Amb el segle XIX va arribar el final del convent. El 1809 la comunitat va haver de deixar el monestir a causa de la guerra del Francès i no hi va poder retornar fins al 1814. Poc després (entre el 1821 i 1823) es va repetir la situació. El cop final va arribar amb la desamortització (1839), el lloc va quedar sense ús i abandonat. Anys després de l'edifici només quedaven els murs. A començament del segle XX hom va pensar a enderrocar-lo totalment per obtenir material de construcció per una caserna, però el projecte no va prosperar. El 1962 s'hi van fer obres de conservació dels edificis. Entre el 1965 i 1970 hi va retornar transitòriament una comunitat dominica. Després, l'edifici que havien aixecat es va utilitzar com a residència de gent gran.
- GOÑI GAZTAMBIDE, José (1961). Historia del convento de Santo Domingo de Estella. Príncipe de Viana, núm. 82-83
- GOÑI GAZTAMBIDE, José (1990). Historia eclesiástica de Estella. Tomo II. Las órdenes religiosas (1131-1990). Pamplona: Gobierno de Navarra