Esta casa fue fundada a instancias de Simon III de Neauphle (? -c1150) y su mujer Eva, que el 1127 se dirigieron al abad Geoffroy de la abadía de Savigny (Mancha) solicitando su intervención en la empresa. Geoffroy envió doce monjes para la nueva casa dirigidos por Arraud (o Arnaud, el primer abad) la fundación se hizo efectiva el 1128, pasando a formar parte de la congregación (también considerada orden) de Savigny. Como es habitual, en el mismo acto, los fundadores dotaron económicamente el monasterio para garantizar su continuidad. Luis VII de Francia confirmó en 1143 la fundación y los bienes del monasterio, por otra parte también se vio beneficiado con más donaciones a su favor, efectuadas por la nobleza. Aún en 1144 el papa Lucio II confirmaba la fundación y la ponía bajo su protección. Bajo el gobierno del abad Arraud, en 1137 se fundó desde aquí la abadía de Notre Dame de Breuil-Benoît (Eure). En 1148 la congregación de Savigny se incorporó al Císter, por tanto este monasterio se convirtió en una casa cisterciense.

Portal de la iglesia en ruinas

La abadía de Vaux de Cernay
Ilustración del Étude Archéologique sur
l’Abbaye de Notre-Dame des Vaux de Cernay (1889)

El año 1180 fue elegido abad Guy (después obispo de Carcasona entre 1212 y 1224) que participó muy activamente en la Cuarta Cruzada junto con su sobrino Pedro de las Vaux de Cernay, también monje de esta casa. Ambos intervinieron también en la cruzada albigense, especialmente Pedro, quien acompañó a Simón de Montfort y dejó su testimonio partidista en su Hystoria albigensis. El 1225 la abadía femenina de Port Royal des Champs formaba parte de la orden del Císter y se la vinculó a esta. Entre 1235 y 1247 la abadía fue gobernada por san Teobaldo de Marly. A comienzos del siglo XVI la casa mantenía una buena situación económica pero el relajamiento de las costumbres se había convertido en crónico.