Els franciscans ja estaven presents a Coïmbra, localitzats en el desaparegut convent de São Francisco da Ponte, quan la noble Mor Dias, que s’havia retirat l’any 1250 a la canònica de São João das Donas, va decidir fundar un monestir de clarisses a la ciutat amb l’oposició de les canongesses de la seva comunitat, que temien perdre les rendes aportades per ella quan s’havia incorporat a la canònica sense professar. Finalment el 1283 va obtenir la corresponent llicència fundacional i malgrat els entrebancs posats pels canonges de la Santa Cruz (d’on depenia el convent femení de São João) el 1286 es va posar la primera pedra del nou monestir i poc després ja estaria ocupat per la comunitat formada, entre altres, per algunes canongesses de São João. Les diferències entre les dues comunitats es van agreujar i finalment el 1311 fou declarat extingit el monestir de clarisses, els béns es van repartir entre els agustinians i framenors i les monges de São João van retornar al lloc d’origen.

Malgrat això, l’any 1314 la reina Elisabet de Portugal (esposa de Dionís I) va aconseguir del papa l’oportuna llicència per la fundació d’una casa de clarisses a Coïmbra al mateix lloc de la fundació anterior, ampliant els seus terrenys i el 1317 una comunitat ocupava de nou el convent de Santa Clara. Quan la reina va quedar vídua (1325) es va retirar en un palau a tocar de Santa Clara i finalment disposaria el seu enterrament a l’església conventual, lloc on més endavant seria venerada com a santa. Al segle XVI el monestir patia els efectes de la proximitat del riu i les aigües negaven moltes parts del mateix el que va fer que s’hi fessin modificacions estructurals importants amb la intenció de minimitzar els efectes, però el 1647 hom ordenà el seu trasllat. El 1649 va començar la construcció del nou convent i el 1672 les monges ja s’havien traslladat a un lloc proper però més elevat. L’antic convent va caure en l’abandó i després de la desamortització (1834) va passar a mans particulars, mig soterrat. El lloc de Santa Clara-a-Velha va passar a mans públiques el 1976 i es va començar a excavar i restaurar a finals del segle XX i ara s’ha convertit en museu.