La canònica agustiniana de Santa Cruz de Coïmbra fou fundada per l’ardiaca de la catedral de la mateixa ciutat, Telo, l’any 1131. Des de bon començament la casa va rebre protecció de la Santa Seu, que la va declarar independent del poder episcopal (1154), també va gaudir de protecció de la cort, el rei Alfons I el va dotar econòmicament i el va beneficiar amb béns i rendes aconseguint tenir amb el temps una comunitat molt àmplia i rica. Per altra banda és destacable l’activitat del seu escriptori d’on van sortir manuscrits molt preuats, aquella l’activitat va tenir continuïtat més endavant amb una impremta, tot plegat va contribuir a reunir en el monestir una àmplia i valuosa biblioteca.

A començament del segle XVI es va refer completament el monestir a causa del mal estat en que es trobava la construcció medieval. Cap el 1520 es van confeccionar els monuments funeraris dels dos primers reis de Portugal (Alfons I i Sanç I) que es conserven al presbiteri. A partir del 1527 la casa fou reformada segons el nou règim d’observança i a partir del 1556 aquesta canònica va esdevenir el cap de la Congregació de Santa Cruz. Aquest monestir va tenir en època medieval una casa femenina que hi depenia: São João das Donas, que va tenir un llarg litigi amb la primera fundació de Santa Clara de Coïmbra. Aquesta casa monàstica fou clausurada com a tal el 1834 i a partir d’aquí les seves dependències es van destinar a altres usos.