Joan I de Portugal va impulsar la fundació d’aquest monestir per commemorar la seva victòria a la batalla d’Aljubarrota (1385) que va tenir com escenari el lloc d’aquest nom, al sud d’aquí. La casa fou fundada cap el 1387 i tot i que inicialment s’hagués pensat en lliurar-lo als cistercencs d’Alcobaça, finalment fou ocupat pels dominics i es va dedicar a Nossa Senhora da Vitória. Va esdevenir panteó reial de la dinastia d’Avís, que va regnar Portugal durant dos segles. Fou el mateix Joan I qui es va encarregar de la construcció del complex monàstic, obra que ja havia començat el 1387. Les obres es van desenvolupar durant els anys següents, resultant una construcció de grans dimensions. L’església estaria ja acabada el 1426.

El resultat es un conjunt format per una gran església de tres naus, amb creuer on s’obren els cinc absis. Al sud de l’església es va bastir la capella funerària del fundador del monestir. El rei Duarte, fill del fundador, va començar la construcció d’un panteó darrera la capella major de l’església, obra començada el 1434 i que va quedar inacabada i ara el lloc és conegut com les Capelas Imperfeitas. Al nord es troba el claustre gran, amb les seves dependències, com ara la sala capitular i més enllà el claustre d’Afonso V, del segle XV. El 1755 el monestir va ser víctima d’un terratrèmol i el 1810 de les tropes de Napoleó, que el van saquejar. Va resultar exclaustrat el 1834, moment es que va restar abandonat. A la segona meitat del segle XIX van començar les obres de restauració de les construccions.