Aquest monestir de Santa Maria de Alcobaça fou fundat a iniciativa del primer rei de Portugal, Alfons I (1139-1185) el qual va fer donació l’any 1153 d’aquestes terres al monestir de Claravall (Xampanya) amb la condició que hi establissin un monestir. El primers monjos van arribar el 1157 i es van establir a Santa Maria a Velha, un lloc proper d’aquí. El 1178 va començar la construcció del monestir en el lloc actual, obra que es va veure interrompuda a causa d’unes incursions islàmiques el 1184 i 1195. Després de l’arribada de més membres de la comunitat vinguts de França, es va poder continuar amb la construcció, que el 1222 ja es trobava en condicions d’habitabilitat. L’església es va consagrar el 1252.

Aquest monestir va intervenir decididament en l’assentament de la població en el territori. Alhora es va distanciar de la casa mare francesa, vinculant-se directament amb la Santa Seu i des del 1459 independitzada de Claravall. El nou règim va portar també posar-se sota l’administració d’abats comendataris i la seva decadència. Seguidament es va reformar, amb la intervenció de la Congregació Cistercenca de Castella, fins que el 1567 fou creada la Congregació Portuguesa d’Alcobaça que li va donar un nou impuls. El monestir va tenir continuïtat fins que fou clausurat el 1834, dispersant-se els seus béns.