Los frailes menores llegaron a Santarém en 1242 gracias a la intervención de Sancho II, rey de Portugal entre el 1223 y 1247. En 1338 el convento fue víctima de un incendio lo que obligó a su reconstrucción casi total. Fernando I de Portugal (1367-1383) se hizo cargo de las obras y dispuso aquí su propia sepultura. En aquella época se construyó el coro, elevado en medio de la nave de la iglesia. A partir del 1530 se convirtió en hospital provincial de la orden franciscana. Se convirtió en un establecimiento monástico importante y el número de miembros de la comunidad era elevado. Fue extinguido en 1834, momento en que el lugar fue destinado a cuartel. Tras una época de abandono, el conjunto conventual se excavó y restauró a partir de la segunda mitad del siglo XX.