Fundat el 1233, va patir des del seus inicis un enfrontament amb el poder episcopal de Porto que va aconseguir la seva expulsió, el conflicte es va allargar fins que el papa Innocenci IV va emetre una butlla l’any 1244 anul·lant les actuacions anteriors i restituint als framenors el lloc d’on havien estat expulsats. L’església es va aixecar entre els anys 1383 i 1410. El 1568 la comunitat franciscana es va reformar, passant a l’observança. Amb el temps la casa conventual va anar evolucionant i ara l’interior de l’església presenta una exuberant decoració barroca feta bàsicament durant el segle XVII. A començament del segle XIX el convent fou ocupat com a caserna i el 1833 va ser víctima d’un incendi a causa del setge de la ciutat de Porto. El convent fou enderrocat i en el seu lloc s’hi va aixecar el nou Palácio da Bolsa mentre que l’església quedava convertida en magatzem. El temple, única part que es conserva del convent, fou restaurada a partir de la segona meitat del segle XX, respectant la decoració barroca interior.