Els caputxins van arribar a Guimarães el 1662 i el 1664 es va posar la primera pedra del convent que s’havia d’aixecar de nova planta utilitzant pedra del castell, palau comtal i muralles, el que va provocar l’oposició de la població. El 1668 els caputxins van ocupar ja la nova casa, deixant la capella de São Miguel do Castelo, que havien ocupat provisionalment des de la seva arribada. A mitjan del segle XVIII es va reedificar completament l’església. Els frares es van mantenir en aquest lloc fins el 1833 quan hom va clausurar l’establiment monàstic. El 1842 els edificis foren adquirits en subhasta per la Santa Casa da Misericórdia, institució fundada a començament del segle XVI, per fer-hi un nou hospital, aquesta institució encara conserva el lloc.