Aquesta casa de clarisses fou fundada per la reina Leonor, vídua de Joan II, mort el 1495, que va aconseguir el 1508 la pertinent autorització del papa Juli II. El 1509 van arribar set monges del convent de Jesús de Setúbal que es van instal·lar en unes cases particulars de manera provisional mentre es bastia el monestir. El conjunt d’edificis monàstics incloïa un palau on es va retirar la reina Leonor.

Aviat va esdevenir un establiment ric i amb una comunitat nombrosa gràcies a la protecció reial, sobretot en època de Joan III, el qual va aixecar noves construccions sobre el petit monestir inicial de l’època fundacional. A finals del segle XVII i durant el segle següent, el monestir es va ornar amb el gust barroc de l’època, canviant-li la fisonomia. El convent fou suprimit el 1834 i a finals d’aquell segle el lloc fou destinat a centre assistencial. A mitjan del segle XX, amb motiu del cinquè centenari del naixement de la reina Leonor el lloc es va restaurar i conseqüència d’allò, s’hi va instal·lar el Museu Nacional do Azulejo.