Es tracta d’una canònica fundada el 1147 per Afonso Henriques, el primer rei de Portugal, que va lliurar una antiga ermita situada en aquest lloc als premonstratencs de Saint-Martin de Laon (Aisne) que van intentar la seva filiació a aquest orde, però finalment va esdevenir una canònica agustiniana, els primers priors del monestir foren canonges procedents de São Salvador de Banho (Barcelos, Braga). El 1206 fou declarat exempt i va passar a dependre directament de la Santa Seu. La canònica es va veure beneficiada per la monarquia, que li va donar protecció. Per altra banda, la possessió de relíquies de sant Vicenç en va fer un lloc de devoció popular.

El 1540 la casa fou reformada i es va integrar a la Congregació de Santa Cruz de Coïmbra. Durant el segle XVI es va fer una reforma profunda dels edificis, en la que hi va intervenir el rei Felip II i l’arquitecte Juan de Herrera. La nova església es va inaugurar el 1629. Va patir danys relativament poc importants en el terratrèmol de 1755. El 1834 va quedar sense comunitat i el lloc va esdevenir palau episcopal, en el mateix segle XIX el refetor es va convertir en panteó de la casa de Bragança.