Los carmelitas llegaron a Girona el 1292 estableciéndose de forma provisional en una casa en el interior del recinto amurallado, poco tiempo después, en 1295, se trasladaron a un nuevo convento cerca del río, extramuros, donde aún se conserva el nombre de la calle del Carme. Desde el 1568 el convento carmelitano era la sede de la Cofradía de la Puríssima Sang de Nostre Senyor Jesucrist, que asistía a los condenados a muerte. Destruido en 1653, el nuevo convento se rehizo en el interior de la ciudad, donde estaba el palacio Margarit, el nuevo edificio ya estaba ocupado en 1691, en aquella época y quizás debido a las inestabilidades sufridas el número de religiosos de la casa era reducido: siete frailes en 1657, doce en 1680, catorce en 1686 y diez en 1700.

El convento carmelita participó activamente en la resistencia durante la guerra de la Independencia, sin embargo, su iglesia mantuvo el culto en aquellas fechas. Resultó afectado también durante el Trienio Liberal, a pesar de la dispersión de la comunidad no se suprimió y hasta acogió los frailes del Carme de Peralada. Poco tiempo después fueron expulsados ​​definitivamente, suprimiendo el establecimiento en 1835, el lugar quedó desocupado hasta que en 1838 pasó a manos del Gobierno Civil y posteriormente a la Diputación de Girona (1958), que todavía tiene aquí sus dependencias.