Los carmelitas llegaron a Girona en el año 1292 estableciéndose provisionalment en una casa en el interior del recinto amurallado, poco tiempo después, en 1295, se trasladaron al nuevo convento cerca del río, extramuros, donde todavía se conserva el nombre de la calle del Carme. Desde 1568 el convento carmelita era la sede de la Confraria de la Puríssima Sang de Nostre Senyor Jesucrist, que asistía a los condenados a muerte.
El primer convento de Girona, ahora desaparecido
Detalle de Plan de la ville de Gironne... (1653)
Bibliothèque nationale de France
Quedó destruido en 1653 a causa de la guerra de los Segadores y se reconstruyó en el interior de la ciudad, donde estaba el palacio Margarit, el nuevo edificio ya estaba ocupado en 1691. En aquella época y quizás debido a las inestabilidades sufridas, el número de religiosos de la casa era reducido: siete frailes en 1657, doce en 1680, catorce en 1686 y diez en 1700. Los carmelitas participaron activamente en la resistencia durante la guerra de la Independencia, aun así, su iglesia mantuvo el culto en aquellas fechas.
Resultó afectado también durante el Trienio Liberal, a pesar de la dispersión de la comunidad, no se suprimió e incluso acogió a los frailes del Carme de Peralada. Poco tiempo después fueron expulsados definitivamente, suprimiendo el establecimiento en 1835, el lugar quedó desocupado hasta que en 1838 pasó a manos del Gobierno Civil y en 1958 a la Diputació de Girona, que todavía mantiene sus dependencias.
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