Tradicionalmente, se ha considerado que la construcción de una iglesia en este lugar es el resultado del hallazgo milagroso de una imagen de la Virgen, la narración explica que un personaje noble, que se ha querido identificar con el conde Ermengol VII de Urgell, se perdió en el transcurso de una cacería. Cansado, se quedó dormido y al despertar tenía la imagen al lado. En ese lugar se habría levantado una iglesia donde venerar el hallazgo.
Hay noticias que mencionan la iglesia durante la segunda mitad del siglo XII, época en la que se habría visto favorecida por Guillem de Anglesola y otros personajes, convirtiéndose en un centro de devoción de cierta importancia, también se mencionan los monjes que lo habitaban, quizás sólo ermitaños o deodatos que estaban cargo del lugar. En 1179 Bonrepòs recibía una donación de bienes del conde Ermengol VII y su esposa Dolça, los mismos que poco antes habían intervenido en la fundación del monasterio de Les Avellanes.
En 1205 éste era un dominio de Santa María de Bellpuig de Les Avellanes, la donación de Bonrepòs se habría hecho en aquella fecha o poco antes, pero no es hasta entonces que hay constancia de la dependencia de Bonrepòs con respecto a Bellpuig. Por otro lado, durante la primera mitad del siglo XIII hay constancia de la existencia de monjas, aunque quizás sólo se trataba de las mujeres encargadas de atender a los viajeros o necesidades. En 1224 se fundó el priorato premonstratense de Sant Nicolau de Fondarella y el mismo año le fue entregada la casa de Bonrepòs y todas sus posesiones. El cargo de prior de la casa lo ejercía un monje de Les Avellanes, a partir del siglo XVII la iglesia mantenía también funciones parroquiales. Este lugar mantuvo el título de priorato hasta 1835, cuando Bellpuig fue suprimido.
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- CORREDERA GUTIÉRREZ, Eduardo (1965). Santuario de Nuestra Señora de Bonrepòs (un priorato premonstratense). Analecta Sacra Tarraconensia, núm. 38.2. Barcelona: Balmesiana
- PLADEVALL, Antoni (1993). Mare de Déu de Bonrepòs. Catalunya Romànica. Vol XV. El Pallars. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
Se accede por una pista que parte de la carretera del Coll de Comiols a Tremp, por Sant Salvador de Toló