Se trata de un santuario y antiguo priorato benedictino dependiente del monasterio de Santa Maria de Amer, el lugar del Coll pertenecía a aquella abadía desde muy antiguo, el 860 figura como una de las posesiones de Amer en un documento de confirmación de bienes firmado por Carlos el Calvo. No es hasta el 1184 que se menciona la existencia de una iglesia dedicada a la Santa Maria.
Por otra parte, una leyenda desarrollada en época moderna explica la construcción de la capilla en agradecimiento tras una intervención milagrosa de la Virgen en el marco de un episodio bélico en época de las luchas contra los sarracenos en el que cayó herido Benet de Cabrera. Este personaje sería el impulsor de la construcción después de su curación. El 1188, una bula del papa Clemente III la menciona ya en calidad de priorato de Amer, seguramente poco antes de ésta fecha se habría construido la iglesia actual y es muy posible que sustituyera una construcción anterior.
Fue un priorato de reducidas dimensiones, siempre vinculado a la abadía de Amer a pesar de las intervenciones del obispado de Vic protegiendo los derechos de sus parroquias, lo que generó desavenencias entre las dos instituciones. El título de prior del Coll lo tenía un monje residente en Amer. En el siglo XVI prácticamente sólo tenía un monje, con un sacerdote que tenía la cura de almas, a partir del 1592 el título de prior quedó unido con el de abad de Santa María de Amer. Tras la desamortización de los bienes del monasterio de Amer, en 1835, el obispado de Vic se encargó de cuidar del lugar
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