Es tracta d’un santuari i antic priorat benedictí depenent del monestir de Santa Maria d’Amer, l’indret del Coll pertanyia a aquella abadia des de molt antic, el 860 figura com una de les possessions d’Amer en un document de confirmació de béns signat per Carles el Calb. No és fins el 1184 que s’esmenta l’existència d’una església dedicada a la Santa Maria.
D'altra banda, una llegenda desenvolupada en època moderna explica la construcció de la capella en agraïment després d’una intervenció miraculosa de la Mare de Déu en el marc d’un episodi bèl·lic en època de les lluites contra els sarraïns en el que va caure ferit Benet de Cabrera. Aquest personatge seria l’impulsor de la construcció després de la seva curació. El 1188, una butlla del papa Climent III l’esmenta ja en qualitat de priorat d’Amer, segurament poc abans d’aquesta data s’hauria bastit l’església actual i és ben possible que substituís una construcció anterior.
Fou un priorat de reduïdes dimensions, sempre vinculat a l’abadia d’Amer malgrat les intervencions del bisbat de Vic protegint els drets de les seves parròquies, el que va generar desavinences entre les dues institucions. El títol de prior del Coll el tenia un monjo resident a Amer. Al segle XVI pràcticament només tenia un monjo, amb un sacerdot que tenia la cura d’ànimes, a partir del 1592 el títol de prior va quedar unit amb el d’abat de Santa Maria d’Amer. Després de la desamortització dels béns del monestir d’Amer, el 1835, el bisbat de Vic es va encarregar de tenir cura de l’indret.
- CAMÓS, Narcís (1657). Jardín de María. Barcelona: Plantada
- GAVÍN, Josep M. (1982). Inventari d'esglésies. Vol. 11. Gironès, Selva. Artestudi Ed.
- MONSALVATJE, Francisco (1904). Los monasterios de la diócesis gerundense. Noticias históricas XIV. Olot: Bonet
- MONSALVATJE, Francisco (1910). Nomenclator histórico de las iglesias parroquiales y rurales... 4. Noticias históricas XVIII. Olot: Bonet
- PLADEVALL, Antoni (1974). El santuari de la Mare de Déu del Coll, de les Guilleries. Granollers: Ed. Montblanc
- PLADEVALL, Antoni (1991). Catalunya romànica. Vol. V. El Gironès, la Selva... Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- SOLÀ I COLOMER, Xavier. El monestir de Santa Maria d’Amer a l’època moderna: Religió, cultura i poder. De la reforma benedictina a la vigília de les desamortitzacions (1592-1835). Barcelona: Fundació Noguera, 2010