El priorato levanta en un lugar habitado en época romana. Santa Maria de l'Om es una de las iglesias que pasaron a depender en 1093 de la canónica de Vilabertran a raíz de una donación efectuada por el obispo de Girona.
La fundación del priorato agustiniano parece que se produjo hacia el 1139; se conocen priores de esta canónica desde el 1142 hasta mediados del siglo XIV, cuando se extinguió la comunidad. Hay constancia de que en 1314 sólo residían en L'Om cuatro clérigos seculares con su prior. El priorato fue definitivamente suprimido en 1592 por el papa Clemente VII, junto con la secularización de Vilabertran.
Bibliografía:
- BADIA I HOMS, Joan (1985). L’arquitectura medieval de l’Empordà. Vol. II-A. Girona: Diputació de Girona
- BADIA I HOMS, Joan; CASES I LOSCOS, M. Lluïsa (1990). Catalunya romànica. Vol. IX. L’Empordà II. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- GAVÍN, Josep M. (1983). Inventari d’esglésies. Vol. 13, Alt Empordà. Barcelona: Arxiu Gavín
- PLADEVALL, Antoni (1970). Els monestirs catalans. Barcelona: Destino