El priorat s'aixeca en un indret ja habitat en època romana. Santa Maria de l'Om és una de les esglésies que passaren a dependre el 1093 de la canònica de Vilabertran arran d’una donació efectuada pel bisbe de Girona.
La fundació del priorat canonical augustinià sembla que es produí vers el 1139; hom coneix priors d’aquesta canònica des del 1142 fins a mitjan del segle XIV, quan s'extingí la comunitat. Hi ha constància que el 1314 només residien a l'Om quatre clergues seculars amb el seu prior. El priorat fou definitivament suprimit el 1592 pel papa Climent VII, al mateix temps de la secularització de Vilabertran.
Bibliografia:
- BADIA I HOMS, Joan (1985). L’arquitectura medieval de l’Empordà. Vol. II-A. Girona: Diputació de Girona
- BADIA I HOMS, Joan; CASES I LOSCOS, M. Lluïsa (1990). Catalunya romànica. Vol. IX. L’Empordà II. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- GAVÍN, Josep M. (1983). Inventari d’esglésies. Vol. 13, Alt Empordà. Barcelona: Arxiu Gavín
- PLADEVALL, Antoni (1970). Els monestirs catalans. Barcelona: Destino