El lugar donde ahora se levantan los restos del monasterio de Santa Maria de Roses ya fue ocupado por la antigua colonia griega de Rhode, que tuvo continuidad en la época romana y aún más adelante. En este lugar se encuentran restos de edificaciones desde el siglo IV: una necrópolis y una iglesia tardoantigua, justo donde luego se levantó la iglesia románica de Santa Maria.
Aunque las noticias no son fiables, es posible que desde antiguo hubiera algún tipo de establecimiento monástico, en este sentido se tiene alguna noticia de finales del siglo VIII cuando hay indicios de la llegada a Santa Maria de Roses de algún monje procedente de la celda de Magrigul. En 944, un precepto de Luis de Ultramar confirma la dependencia de la iglesia de Santa Maria de Roses del monasterio de Sant Pere de Rodes. Gracias al hallazgo de una inscripción, se sabe que a mediados de ese mismo siglo la iglesia fue reconstruida por deseo del conde Sunyer I de Barcelona, que se retiró como monje. Parece que se independizó de Sant Pere de Rodes el 960. En 976 el conde Gausfred le hizo una importante dotación económica.
El lugar quedó vinculado al condado de Empúries, de hecho era propiedad de los condes, más adelante compartida con el obispo de Girona. En la época del abad Ramon Hug (1049-1064) se consagró una nueva iglesia, las ruinas son, sin duda, las que aún podemos ver ahora. En el mismo acto, el 3 de enero de 1053, se hace la confirmación de sus propiedades. Estos bienes se fueron incrementando en los decenios siguientes, de manera regular. El 1229 dependía de aquí el priorato de Penardell, que quedó bajo la Regla benedictina. En este sentido hay constancia de que, al menos desde el 1306, también dependía de aquí Santa Maria del Camp.
Fue decayendo a causa de las guerras y ataques piratas desde el mar. También se registra una cierta relajación de las costumbres dentro de la propia comunidad. En el siglo XVI el monasterio quedó cerrado dentro del nuevo recinto defensivo que con más o menos modificaciones aún se conserva. En 1588, a causa de una epidemia, los monjes se vieron obligados a abandonar el monasterio, cuando regresaron lo encontraron saqueado, claro indicio de poca vitalidad. Debido a su precaria situación, en 1592 pasó de depender de Santa Maria de Amer. Las guerras continuaron afectando Roses, la ciudadela y, al fin y al cabo, el propio cenobio.
En 1795 los franceses ocuparon la ciudadela y el monasterio, que ya se había abandonado en 1792. Quedó en ruinas. Los monjes ya no regresaron y no se restauró. El monasterio tenía una iglesia que ahora se conserva parcialmente, levantada en el siglo XI, de tres naves con crucero y tres ábsides, el central de gran tamaño, ahora restaurado. También ha sido remontada la antigua portada, algo posterior a la iglesia. A mediodía se pueden ver los escasos restos del pequeño claustro.
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