Alcanyís i el seu territori immediat s'haurien poblat després de la seva recuperació a l'islam, així i tot, hom suposa que podria haver existit algun assentament musulmà, fins i tot una torre de defensa en el lloc conegut com a Alcañiz el Viejo, apartat del nucli urbà, o al mateix indret del castell actual.
Aquest territori es va convertir en un espai fronterer, les anades i vingudes dels bàndols enfrontats es van perllongar en el temps. El 1117, Alfons el Bataller el va conquerir, però l'ocupació no va tenir continuïtat i no va ser fins al 1157 que Ramon Berenguer IV hi va arribar definitivament, atorgant-li una carta de població amb privilegis als ocupants del castell d'Alcanyís, possiblement aixecat en el lloc del castell actual. Encara dins del territori de frontera, el 1179, Alfons el Cast va fer donació del castell a l'orde de Calatrava amb la voluntat d'assegurar-lo, esdevenint un important centre de poder, amb altres castells que hi depenien.
Els cavallers de Calatrava van començar la construcció d'un nou castell i convent, la seu de la comanda, que encara es conserva, tot i que amb modificacions i afegits. La comanda d'Alcanyís va tenir molta influència en terres aragoneses i amb l'avanç de la línia fronterera cap al sud, va anar acumulant possessions a favor de l'orde en terres valencianes. El poder senyorial exercit pels cavallers va topar amb la resistència de la població d'Alcanyís, que defensava els drets que posseïen arran de la carta de població de Ramon Berenguer, el 1283 un assalt popular al castell va tenir greus conseqüències, amb pèrdua de vides i béns.
A partir d'aquests fets, es va procedir a millorar les defenses i remodelar diferents espais conventuals, època en què es va decorar el seu interior amb pintures murals, que es conserven en bona part. Al segle XV, la casa va patir una forta decadència. Durant el segle XVIII es va aixecar un palau barroc, ja en el segle XIX va patir els efectes d'una ocupació francesa (1808-14) i el 1856 va passar a propietat pública. Després d'un període d'abandonament, el 1968 es va inaugurar un parador nacional, alhora que començava el seu estudi i valoració.
- BARRAGÁN, Juan José (2010). Origen y evolución urbana de Alcañiz. De la villa medieval a la ciudad renacentista. Espacio, Tiempo y Forma, núm. 22-23
- BENAVENTE, José Antonio, coord. (1995). El castillo de Alcañiz. Al-Qannis, núm. 3 i 4. Taller de Arqueología de Alcañiz
- ESPINALT, Bernardo (1778-1795). Atlante español, ó Descripcion general geográfica, cronológica, è histórica de España. Vols. I a XIV. Madrid: Diversos
- ORTEGA, Ignatij-Josephi de (1796). Bullarium Ordinis militiae de Calatrava. Madrid: A. Marin
- THOMSON, Teresa (2005). El castillo de Alcañiz. Comarca del Bajo Aragón. Diputación General de Aragón