Se trata de un monasterio muy antiguo, posiblemente ya existía en época visigótica. Se conoce el documento por el que el establecimiento monástico se restauró, momento que hay que situar alrededor del año 810. En aquella fecha, el conde Bigón de Toulouse puso al presbítero Crisógono al frente de la celda de Alaón y le reconocía las tierras que anteriormente habían pertenecido al monasterio, lo que refuerza la posibilidad de que tuviera un pasado visigótico. En esa época el cenobio estaba consagrado a Santa María y San Pedro.
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El establecimiento monástico fue ganando en dimensiones y propiedades. Consta que en 876 su comunidad estaba formada por 24 miembros. En 855, Alaón consiguió del emperador Carlos el Calvo un precepto de inmunidad, que fue renovado por Bernardo II, conde de Toulouse entre 865 y 872. Durante los años siguientes Alaón siguió una importante actividad en cuanto a adquisiciones de bienes, lo que incrementó notablemente su poder e influencia y se convirtió en uno de los centros más importantes de Ribagorça. A finales del milenio, hay constancia de la adopción de la regla de San Benito, la casa pasaba por una época de esplendor.
La abadía era beneficiaria de cartas de inmunidad por parte de los condes y, para sus necesidades de organización, se estableció en varios prioratos dependientes como Sant Climent de Torogó (Pallars Jussà), Sant Martí del Sas (Areny de Noguera , Huesca), Sant Pere dels Masos de Tamúrcia (Pallars Jussà), Sant Tirs de Llastarri (Pallars Jussà) o Santa Càndida d'Areny (Huesca). En época del abad Oriolf (968-977) se levantó una nueva iglesia, que se consagró en 977. Durante la primera mitad del siglo XI, se incrementó el poder de los señores sobre el monasterio en un proceso de secularización, pero más adelante pasó a depender de la sede de Roda lo que le confirió más estabilidad.
A finales del siglo XI era la canónica de San Vicente de Roda quien se encargaba de la designación de los abades. En 1103 empezaron las obras de una nueva iglesia que consagró en 1123 el obispo de Roda san Ramón, en la bóveda de la cripta todavía se conserva una inscripción pintada que lo rememora. A principios del siglo XV la abadía pasó a tener abades comendatarios, generalmente desvinculados de Alaón, su existencia se caracteriza por la falta de vitalidad, pero se mantuvo en actividad hasta su cierre, en 1835.
El antiguo monasterio es actualmente una iglesia parroquial. Sólo se conserva la iglesia, la antigua sala capitular transformada en sacristía y el recinto del claustro. La iglesia es de tres naves y tres ábsides, bajo el presbiterio (alzado respecto a la nave) se encuentra una cripta. En la sacristía pueden verse todavía los arcos tapiados de la portada de la sala capitular. Es interesante el pavimento de cantos rodados de la iglesia, y en el presbiterio se conserva un importante pavimento decorado con mosaico, con una representación eucarística.
Pavimento de cantos rodados
Nave lateral
Acceso a la cripta
Pavimento del presbiterio
Pavimento del presbiterio
Restos de la sala capitular
Inscripción fundacional con el nombre del obispo Ramón
Sillería del coro
Ilustración de Aragón histórico, pintoresco y monumental (1882)
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El monasterio está situado en Sopeira, a orillas del Noguera Ribagorzana, cerca de la presa de Escales