Es tracta d'un monestir força antic, possiblement ja existia en època visigòtica. Hom coneix el document pel qual l'establiment monàstic es va restaurar, moment que cal situar al voltant de l'any 810. En aquella data, el comte Bigó de Tolosa va posar al prevere Crisògon al davant de la cel·la d'Alaó i li reconeixia les terres que anteriorment havien pertangut al monestir, el que reforça la possibilitat que tingués un passat visigòtic. En aquella època el cenobi estava consagrat a Santa Maria i Sant Pere.
L’establiment monàstic va anar guanyant en dimensions i propietats. Consta que l’any 876 la seva comunitat estava formada per 24 membres. L’any 855, Alaó va aconseguir de l’emperador Carles el Calb un precepte d’immunitat, que fou renovat per Bernat II, comte de Tolosa entre 865 i 872. Durant els anys següents Alaó va seguir una important activitat pel que fa a adquisicions de béns, el que va incrementar notablement el seu poder i influència i va esdevenir un dels centres més importants de Ribagorça. A finals del mil·lenni, hi ha constància de l’adopció de la regla de Sant Benet, la casa passava per una època d’esplendor.
L’abadia era beneficiària de cartes d’immunitat per part dels comtes i, per les seves necessitats d’organització, es va establir en diversos priorats dependents com ara Sant Climent de Torogó (Pallars Jussà), Sant Martí del Sas (Areny de Noguera, Osca), Sant Pere dels Masos de Tamúrcia (Pallars Jussà), Sant Tirs de Llastarri (Pallars Jussà) o Santa Càndida d'Areny (Osca). En època de l’abat Oriolf (968-977) es va aixecar una nova església, que es va consagrar el 977. Durant la primera meitat del segle XI, va incrementar el poder dels senyors sobre el monestir en un procés de secularització, però més endavant va passar a dependre de la seu de Roda el que li conferí més estabilitat.
A finals del segle XI era la canònica de Sant Vicenç de Roda qui s'encarregava de la designació dels abats. El 1103 començaren les obres d'una nova església que va consagrar el 1123 el bisbe de Roda sant Ramon, a la volta de la cripta encara es conserva una inscripció pintada que ho rememora. A començament del segle XV l'abadia va passar a tenir abats comendataris, generalment desvinculats d'Alaó, la seva existència es caracteritza per la manca de vitalitat, però es mantingué en activitat fins al seu tancament, el 1835.
L'antic monestir actualment és una església parroquial. Només es conserva l'església, l'antiga sala capitular transformada en sagristia i el recinte del claustre. L'església és de tres naus i tres absis, sota el presbiteri (alçat respecte a la nau) es troba una cripta. A la sagristia es poden veure encara els arcs tapiats de la portada de la sala capitular. És interessant el paviment de còdols de l'església, i al presbiteri es conserva un important paviment decorat amb mosaic, amb una representació eucarística.
- ABADAL, Ramon d’ (2009). Catalunya Carolíngia. Vol. 3. Els comtats de Pallars i Ribagorça. 2a part. Barcelona: Institut d’Estudis Catalans
- BOIX I POCIELLO, Jordi (1996). Santa Maria d’Alaó. Catalunya romànica. Vol. XVI. La Ribagorça. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- CASTILLÓN, Francisco (1978). Los abades de Alaón, jurisdicción y prerrogativas. Argensola, núm. 85
- CASTILLÓN, Francisco (1996). Documentos del monasterio de Santa María de Alaón y de sus prioratos de Santa María de Vilet y Chalamera. Argensola, 2núm. 110
- CORRAL, José Luis (1984). Cartulario de Alaón (Huesca). Textos Medievales, 65
- COSTA, Xavier (2019). Paisatges monàstics. El monacat alt-medieval als comtats catalans (segles IX-X). Tesi doctoral. Universitat de Barcelona
- COY I COTONAT, Agustí (1906). Sort y comarca Noguera Pallaresa. Barcelona: Cunill
- IGLESIAS COSTA, Manuel (1990). El monasterio de Alaón en Ribagorza. Osca: Instituto de Estudios Altoaragoneses
- UBIETO, Agustín (1999). Los monasterios medievales en Aragón. Saragossa: C. A. Inmaculada