Este convento franciscano fue el segundo fundado en la isla, de esta orden, fue el papa Juan XXII quien en 1325 autorizó a los franciscanos de Barcelona a establecer esta casa en Inca, cuya iglesia se levantó en ese mismo siglo, en parte gracias a un legado testamentario de Gerard Llull.
En 1494 el convento pasó a los observantes. Se renovó con el paso del tiempo, a mediados del siglo XVI constan importantes obras de reparación. En 1652 la población de Inca se vio afectada por un episodio de peste que también llegó al convento donde sólo quedaron cinco de los diecisiete frailes que allí vivían. Durante el siglo XVIII se reconstruyó el claustro y la iglesia, terminada a principios del XIX. Con la exclaustración (1835) acabó ese primer período de vida del convento, pasó a manos particulares hasta que en 1909 regresó una comunidad de la tercera orden franciscana, que instauró una escuela que todavía se mantiene. Durante la guerra Civil se perdió el archivo.
- PIERAS SALOM, Gabriel (1986). Breu història d’Inca. Inca: Ajuntament d’Inca
- REUS, Guillem Alexandre (2011). Dos claustres barrocs a Inca. Sant Francesc i Sant Domingo, notes històricoartístiques. XI Jornades d'Estudis Locals, Inca, 26 i 27 de novembre de 2010. Ajuntament d’Inca
- REUS, Guillem Alexandre (2014). L’art gòtic a Inca. Arquitectura religiosa. XIV Jornades d'Estudis Locals Inca, 2013. Ajuntament d’Inca
El convento de Sant Francesc se encuentra al este del centro histórico de Inca