Aquest convent franciscà fou el segon fundat a l’illa, d’aquest orde, fou el papa Joan XXII qui el 1325 va autoritzar als franciscans de Barcelona a establir aquesta casa a Inca, l’església de la qual es va aixecar en aquell mateix segle, en part gràcies a un llegat testamentari de Gerard Llull.
El 1494 el convent va passar als observants. Es va renovar amb el pas del temps, a mitjan segle XVI hi consten obres importants de reparació. El 1652 la població d'Inca es va veure afectada per un episodi de pesta que també va arribar al convent on només van quedar cinc dels disset frares que hi vivien. Durant el segle XVIII es va refer el claustre i l'església, acabada a començament del XIX. Amb l'exclaustració (1835) va acabar aquell primer període de vida del convent, va passar a mans particulars fins que el 1909 hi va retornar una comunitat del tercer orde franciscà, que hi va instaurar una escola que encara es manté. Durant la guerra Civil es va perdre l'arxiu.
- PIERAS SALOM, Gabriel (1986). Breu història d’Inca. Inca: Ajuntament d’Inca
- REUS, Guillem Alexandre (2011). Dos claustres barrocs a Inca. Sant Francesc i Sant Domingo, notes històricoartístiques. XI Jornades d'Estudis Locals, Inca, 26 i 27 de novembre de 2010. Ajuntament d’Inca
- REUS, Guillem Alexandre (2014). L’art gòtic a Inca. Arquitectura religiosa. XIV Jornades d'Estudis Locals Inca, 2013. Ajuntament d’Inca
El convent de Sant Francesc és a llevant del centre històric d'Inca