Las leyendas

El origen de este monasterio está rodeado de leyendas y narraciones tardías seguramente elaboradas con la pretensión de dignificar sus raíces. El historiador benedictino Antonio de Yepes dice en la Crónica General de la Orden de San Benito (1609-1610) que la abadía fue fundada por el rey visigodo Recaredo I (fallecido el 601) y que fue lugar de retiro del rey Wamba, quien había profesado como monje en el monasterio de Pampliega (Burgos) pero que después vino hasta aquí buscando aislamiento, habría muerto en San Pedro de Arlanza en 688 donde fue enterrado, aunque hay otros relatos con versiones diferentes. Aquel monasterio primitivo se habría perdido con la invasión islámica pero quedó un pequeño núcleo religioso de tipo eremítico. Este punto es el que enlazaría con otra narración que explica como el conde de Castilla, Fernán González (c930-970) en el transcurso de una cacería y persiguiendo un jabalí que se había escondido en una cueva, se encontró con una capilla habitada por tres ermitaños, Pelayo, Arsenio y Silvano. El conde se quedó a pasar la noche con ellos y le presagiaron una victoria militar contra los infieles, después de eso, agradecido, Fernán González habría fundado el monasterio de San Pedro de Arlanza.

Parece que el monasterio de San Pedro de Arlanza fue fundado a finales del siglo IX o principios del X a partir de un establecimiento de tipo eremítico o laura que hay que situar en el entorno la ermita de San Pelayo (o de San Pedro el Viejo de Arlanza) lo que lo vincularía con la tradición legendaria del eremita Pelayo y la cacería del jabalí que figura en Poema de Fernán González, posiblemente escrito por un monje de este monasterio. Los promotores seguramente serían los señores de Lara, Gonzalo Fernández y Muniadona o su hijo Fernán González (fallecido en 970) quien alrededor del 930 actuó a favor del monasterio. En este contexto se elaboró el considerado documento fundacional que lleva la fecha del 912. A la muerte del conde, sus sucesores continuaron protegiendo el monasterio de manera muy activa. Tanto Fernán González como su padre fueron enterrados aquí pero sólo se ha conservado la tumba del primero, ahora en la colegiata de Covarrubias.

Después de un primer periodo de poca vitalidad, durante el siglo XI disfrutó de una época de expansión, con apoyo de la monarquía (Fernando I de León y conde de Castilla) cuando logró acumular un amplio patrimonio además de la anexión de otros pequeños monasterios de la región. Durante el siglo XII las relaciones con la monarquía castellana continuaron, aunque debilitadas. Durante el siglo XIII se trabajaba en la promoción de la figura capital del monasterio, de esta época es el poema épico sobre Fernán González. En 1217 una bula del papa Honorio III confirmaba las posesiones de la casa. En 1518 se incorporó a la congregación de San Benito de Valladolid, perdiendo así su relativa independencia. En esta época también se trabajó en la reforma de los edificios del monasterio, abandonando su apariencia medieval, más adelante acabaría perdiendo algunas de las dependencias más antiguas.
 

Hay constancia de que en 1769 el monasterio tenía menos de veinticinco monjes, cuando anteriormente este número habría sido más importante. Después de sufrir desperfectos durante la guerra de la Independencia, el monasterio se clausuró con la desamortización de 1835. A causa de su aislamiento, quedó abandonado y fue víctima de saqueos facilitados por la dejadez administrativa, se incendió en 1894. Seguidamente comenzó el traslado de elementos de valor a otros lugares, algunos a otros establecimientos religiosos y otros vendidos, situación que se prolongó hasta bien entrado el siglo XX. El peligro para la conservación de las ruinas continuó vivo hasta épocas muy recientes cuando se desestimó definitivamente la construcción de un embalse que habría anegado el lugar. Sin embargo, los restos que se conservan todavía son importantes, desde elementos prerrománicos en la ermita de San Pelayo hasta la iglesia, torre y sala capitular de época románica. El claustro de aquella época fue sustituido por uno nuevo en época moderna.