Este monasterio cisterciense fue fundado alrededor del año 1178, fecha en la que llegaron los primeros monjes. Sus promotores fueron Gonzalo de Marañón, personaje de la corte de Alfonso VIII, y su esposa Mayor García de Aza, después de protagonizar un primer intento en 1159 en el que debía intervenir la abadía de Gimont (Gers) y que fracasó. Este segundo intento, exitoso, se hizo con la colaboración de la abadía de Escaladieu (Altos Pirineos), de la línea de Morimond, que envió la primera comunidad, a cuyo frente se puso el abad Fortunatus.
En 1182 los mismos personajes aún fundarían el monasterio femenino de Aza, también cisterciense y de vida efímera (en 1201 ya no existía) que pondrían bajo la tutela de Bujedo y del que sería abadesa Mayor García, ya viuda. Aunque en los años posteriores se registran donaciones diversas a su favor, no pasó de ser una casa modesta. Alrededor de 1508 se afiliaba a la Congregación Cisterciense de Castilla, pero a pesar de ello continuó sufriendo dificultades durante muchos años, en la segunda mitad del siglo XVIII era lugar de retiro de monjes de edad avanzada y en 1775 se mencionaba que estaba deshabitado. Debido a la desamortización de 1835 el lugar pasó a manos particulares, pero se pudieron conservar, y después restaurar, buena parte de sus estructuras.
Filiación de Bujedo
Según el Originum Cisterciensium (L. Janauschek, 1877)Abadía de Morimond (Alto Marne)
Abadía de Escaladieu (Altos Pirineos) / 1137
Monasterio de Bujedo / 1172
- ÁLAMO, M. (1938). Bujedo de Juarros. Dictionnaire d'histoire et géographie ecclésiastiques. Vol. 10. París: Letouzey et Ané
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel (dir.) (2002). Enciclopedia del románico en Castilla y León. Burgos. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- JANAUSCHEK, Leopoldus (1877). Originum Cisterciensium. Vol. 1. Viena
- SERRANO, Luciano (1935). El Obispado de Burgos y Castilla primitiva. Desde el siglo V al XIII. Vol. 2. Madrid: Inst. Valencia de Don Juan
- VALENTÍN DE LA CRUZ, Fray (1990). La abadía cisterciense de Bujedo de Juarros (S.XII-XIX). Burgos: La Olmeda
- VALLE, José Carlos (1986). Monasterio cisterciense de Santa María de Bujedo. Madrid: Ediciones de Arte y Bibliofília