El monasterio de San Cristóbal de Ibeas se habría fundado a principios del siglo XII, en 1107 los considerados fundadores, Alvar Díaz y su esposa Teresa Ordóñez efectuaron una importante donación al monasterio de Sancti Christofori de Evea que consideraban de su propiedad. Sin embargo, el 970 ya consta una donación hecha a un abad de nombre Obeco, al frente de una comunidad posiblemente de canónigos regulares situada en este lugar. El 1146 Alfonso VII de León hacía donación de diversos bienes de este territorio a la abadía premonstratense de Retuerta con el fin de que se instaurara un monasterio. En 1151 se encuentra una nueva e importante donación a favor de San Cristóbal de Ibeas y posteriormente, en el mismo año el abad Rodrigo recibía una donación de Alfonso VII en la que se mencionaba que se trataba de un monasterio premonstratense. En 1168 el mismo abad Rodrigo encabezaba la participación de San Cristóbal en la fundación de Santa María de Bugedo (Burgos) y en 1169 asistió en la consagración de la iglesia de Santa María la Real de Aguilar de Campoo (Palencia).

Durante el siglo XIII continuaron las donaciones a favor de la casa lo que no pudo evitar que también sufriese períodos de decadencia tanto por a su situación económica como por la regularidad interna. El monasterio también mantuvo un hospital anexo donde cuidaban de los viajeros y desde 1786 un colegio de filosofía, suprimido en 1798. A pesar de todo este lugar llegó a ser un monasterio de modestas dimensiones pero con cierta influencia dentro de la orden. En época medieval se habría levantado un monasterio románico que con el paso del tiempo habría ido sufriendo modificaciones, muchas a causa del envejecimiento de las estructuras. En 1737 sufrió una inundación y en esa misma época se llevaron a cabo importantes obras de reconstrucción. Durante el siglo XIX sufrió los efectos de los diferentes episodios adversos de la época, en 1808 el monasterio fue ocupado por las tropas francesas y los canónigos tuvieron que abandonarlo con el resultado de la pérdida de los bienes muebles y deterioro de las construcciones. Una vez recuperado y mínimamente restaurado entre 1820 y 1823 sufrió una segunda exclaustración temporal y en 1835 la definitiva causada por la Desamortización de Mendizábal, poco después ya se menciona el mal estado en que se encontraba el conjunto, ahora sólo se conservan algunos muros de los ábsides de la iglesia, en 1847 Manuel de Assas hizo una descripción del monasterio, cuando todavía conservaba buena parte de sus estructuras.