Aunque tradicionalmente se considera que este establecimiento de monjas benedictinas tiene un origen muy antiguo, realmente se desconoce cuándo se fundó. Una tradición que hace referencia a los tiempos de la invasión islámica, dice que la comunidad sufrió la entrada de tropas sarracenas y las monjas, para protegerse, se desfiguraron el rostro, lo que no evitó su muerte, episodio que se encuentra representado en un mural de la iglesia. La primera noticia cierta sobre una comunidad en funcionamiento en este lugar lleva la fecha de 1231.
El monasterio ya estaba en funcionamiento en 1231 y era propiedad de la casa de los Lara, en ese año, Mayor, viuda del conde Fernando Núñez de Lara, y sus hijos, autorizaron la venta de una tierra efectuada por el monasterio de Palacios al Hospital del Emperador de Burgos. En 1243, los herederos de Fernando y Mayor dieron el monasterio al obispado de Burgos, de donde en adelante pasaría a depender. Era una casa modesta, en 1312 recibía ayuda económica de Fernando IV de Castilla y más tarde de Alfonso XI, que también declaró jurídicamente exento el territorio del monasterio, dando pie a la formación de un señorío. Entre los siglos XIII y XIV se menciona la protección de Garci Fernández Manrique (señor de Amusco, † c1305), se considera que los sepulcros de madera que se conservan en la iglesia pertenecen a éste, a su esposa Teresa Zúñiga, y a su hijo.
Ya en el siglo XIX, el lugar resultó ocupado debido a la guerra de la Independencia, las monjas tuvieron que huir temporalmente, con las consiguientes pérdidas de bienes. Por su parte, los efectos de la desamortización no fueron especialmente desastrosas, a pesar de las pérdidas patrimoniales, pudo conservar la vida comunitaria sin graves incidencias. Desde 1885 hasta 1993 las monjas dirigieron una escuela dentro del monasterio y ahora mantienen una hospedería.
La iglesia
Reja del coro
El coro de las monjas
Cristo románico
Cristo románico
Agnus Dei detrás del Cristo románico
Sepulcros de los Manrique, protectores del monasterio
Claustro
- ANDRÉS ORDAX, Salvador; i altres (2003). Monasterios de Castilla y León. Lleó: Edilesa
- DEL RIO SADORNIL, José Luis (1993). Palacios de Benaver y su monasterio de monjas benedictinas. Burgos: Monasterio de Palacios de Benaver
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel (dir.) (2002). Enciclopedia del románico en Castilla y León. Burgos. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- LÓPEZ REDONDO, Amparo; i altres (2011). El Cristo del Convento de San Salvador de Palacios de Benaver. Espacio, Tiempo y Forma, vol. 24
- SAINZ SAIZ, Javier (1996). Monasterios y conventos de la província de Burgos. Lleó: Ed. Lancia
- SALAZAR, Luis de (1696). Historia Genealogica de la Casa de Lara. Madrid: M. Llanos
- SERRANO, Luciano (1940-41). Una fundación medieval de la Casa de Lara. El Monasterio de Palacios de Benaber. Boletín de la Comisión Provincial de Monumentos Históricos y Artísticos de Burgos, núm. 70-74
El monasterio y la población de Palacios de Benaver se encuentran al oeste de la ciudad de Burgos, en el municipio de Isar