Tot i que tradicionalment es considera que aquest establiment de monges benedictines té un origen força antic, realment hom desconeix quan es va fundar. Una tradició que fa referència als temps de la invasió islàmica, diu que la comunitat va patir l’entrada de tropes sarraïnes i les monges, per protegir-se, van desfigurar-se la cara, el que no va evitar la seva mort, episodi que es troba representat en un mural de l'església. La primera notícia certa sobre una comunitat en funcionament en aquest lloc porta la data de 1231.
El monestir ja estava en funcionament l'any 1231 i era propietat de la casa dels Lara, en aquell any, Mayor, vídua del comte Fernando Núñez de Lara, i els seus fills, autoritzaven la venda d'una terra efectuada pel monestir de Palacios a l'Hospital de l'Emperador de Burgos. El 1243, els hereus de Fernando i Mayor van donar el monestir al bisbat de Burgos, d'on en endavant passaria a dependre. Era una casa modesta, el 1312 rebia ajuda econòmica de Ferran IV de Castella i més tard d'Alfons XI, que també va declarar jurídicament exempt el territori del monestir, donant peu a la formació d'un senyoriu. Entre els segles XIII i XIV s'esmenta la protecció de Garci Fernández Manrique (senyor d'Amusco, † c1305), hom considera que els sepulcres de fusta que es conserven a l'església pertanyen a aquest, a la seva esposa Teresa Zúñiga, i al seu fill.
Ja en el segle XIX, el lloc va resultar ocupat a causa de la guerra del Francès, les monges van haver de fugir temporalment, amb les consegüents pèrdues de béns. Per altra banda, els efectes de la desamortització no van ser especialment desastroses, malgrat les pèrdues patrimonials, va poder conservar la vida comunitària sense greus incidències. Des de l'any 1885 fins al 1993 les monges van dirigir una escola dins el monestir i ara hi mantenen una hostatgeria.
L'església
Reixa del cor
El cor de les monges
Crist romànic
Crist romànic
Agnus Dei darrera el Crist romànic
Sepulcres dels Manrique, protectors del monestir
Claustre
- ANDRÉS ORDAX, Salvador; i altres (2003). Monasterios de Castilla y León. Lleó: Edilesa
- DEL RIO SADORNIL, José Luis (1993). Palacios de Benaver y su monasterio de monjas benedictinas. Burgos: Monasterio de Palacios de Benaver
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel (dir.) (2002). Enciclopedia del románico en Castilla y León. Burgos. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- LÓPEZ REDONDO, Amparo; i altres (2011). El Cristo del Convento de San Salvador de Palacios de Benaver. Espacio, Tiempo y Forma, vol. 24
- SAINZ SAIZ, Javier (1996). Monasterios y conventos de la província de Burgos. Lleó: Ed. Lancia
- SALAZAR, Luis de (1696). Historia Genealogica de la Casa de Lara. Madrid: M. Llanos
- SERRANO, Luciano (1940-41). Una fundación medieval de la Casa de Lara. El Monasterio de Palacios de Benaber. Boletín de la Comisión Provincial de Monumentos Históricos y Artísticos de Burgos, núm. 70-74
El monestir i la població de Palacios de Benaver són a ponent de la ciutat de Burgos, al terme d'Isar