Aquest monestir cistercenc fou fundat al voltant de l'any 1178, data en què arribaren els primers monjos. Els seus promotors foren Gonzalo de Marañón, personatge de la cort d'Alfons VIII, i la seva esposa Mayor García de Aza, després de protagonitzar un primer intent l'any 1159 en el que hi havia d'intervenir l'abadia de Gimont (Gèrs) i que va fracassar. Aquest segon intent, reeixit, es va fer amb la col·laboració de l'abadia d'Escaladieu (Alts Pirineus), de la línia de Morimond, que va enviar la primera comunitat, al front de la qual es va posar l'abat Fortunatus.
El 1182 els mateixos personatges encara fundarien el monestir femení d'Aza, també cistercenc i de vida efímera (el 1201 ja no existia) que posarien sota la tutela de Bujedo i del que seria abadessa Mayor García, ja vídua. Tot i que en els anys posteriors es registren donacions diverses a favor seu, no va passar de ser una casa modesta. Al voltant de 1508 s'afiliava a la Congregació Cistercenca de Castella, però malgrat això va continuar patint penúries durant molts anys, a la segona meitat del segle XVIII era lloc d'estança de monjos d'edat avançada i el 1775 s'esmentava que estava deshabitat. A causa de la desamortització de 1835 el lloc va passar a mans particulars, però es van poder conservar, i després restaurar, bona part de les seves estructures.
Filiació de Bujedo
Segons l'Originum Cisterciensium (L. Janauschek, 1877)- ÁLAMO, M. (1938). Bujedo de Juarros. Dictionnaire d'histoire et géographie ecclésiastiques. Vol. 10. París: Letouzey et Ané
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel (dir.) (2002). Enciclopedia del románico en Castilla y León. Burgos. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- JANAUSCHEK, Leopoldus (1877). Originum Cisterciensium. Vol. 1. Viena
- SERRANO, Luciano (1935). El Obispado de Burgos y Castilla primitiva. Desde el siglo V al XIII. Vol. 2. Madrid: Inst. Valencia de Don Juan
- VALENTÍN DE LA CRUZ, Fray (1990). La abadía cisterciense de Bujedo de Juarros (S.XII-XIX). Burgos: La Olmeda
- VALLE, José Carlos (1986). Monasterio cisterciense de Santa María de Bujedo. Madrid: Ediciones de Arte y Bibliofília